菌类在现代生物学上属于微生物的研究范畴，它是没有叶绿素，有或没有细胞核的生物，既包括肉眼看不见的细菌、真菌中的霉菌和酵母菌，也包括大型真菌类的蘑菇、木耳等。古人将蘑菇等大型真菌称作“芝”，其分类属于“芝栭类”，但“芝栭”这个部类并不包括细菌，因为后者不能为肉眼所见。

古人可能从采集蘑菇、猴头和木耳作食物，以及将灵芝、茯苓、猪苓等真菌作药物的日常生活里，早就认识菌类的生存环境和条件。《列子》指出，蘑菇生长在有腐朽物质的土壤中。宋代时，出现了世界上现存最早的菌类专著──《菌谱》。此书记载了松蕈、玉蕈等大型真菌十一种，内容包括它们的生长地点、采集时节、形状、颜色等。书中还记述了合蕈，即后世所称的香菇，《菌谱》是最早描述这种美味的食用菌的古籍。

古人不但采集真菌，而且很早就开始栽培茯苓、香菇等真菌。南北朝时期，江苏一些地方的百姓已经开始利用松树掩埋的方式栽培茯苓；唐代已经出现人工种植蘑菇，当时的农书《四时纂要》细致地记载了食用菌的人工栽培方法。然而，真正体现古人对菌类的培养和应用是古代酿酒、做酱的工艺和技术。南北朝时期的《齐民要术》已经总结了中国古代制曲酿酒技术，并指出制曲时要掺入生料，以产生接种微生物的作用，还提出制曲时温度和湿度的调节准则，把“五色衣成”（指由微生物黄曲霉的菌丝和大量孢子形成的一层黄绿色物质）作为制成曲的标准。

中国是世界上最早栽培大豆的国家，人民把大豆视为最重要的农作物之一。中国古代称大豆为菽，“菽”字下面的三点就是根瘤，后代的农民将豆根中的根瘤称为“土豆”，并发现土豆长得多，豆子就会丰收。可见古代农民已经注意到根瘤的作用。根瘤菌是菌类中比较特殊的一种，它会侵入大豆的侧根，刺激根部，使其长成膨大的瘤状物。根瘤菌繁殖后，可以直接吸收空气中游离的氮元素，以供给寄主（即大豆）所需的营养及使土壤变得肥沃。另一方面，它会从寄主根部吸取分泌物作为养分。这种互惠互利的生存方式称为共生，根瘤菌就存在于大豆的根部，二者互相共存。古人在造菽字时就注意到其中的根瘤。