漢晉以來，齊雲山就有外來宗教文化活動的蹤跡。唐朝天寶元年（公元742年），齊雲山西南部岐山石橋岩、萬壽山一帶始有佛教活動萌芽。明《徽州府志》和《齊雲山志》載：「岐山有天然石橋，又稱石門，壁立千尺，古藤絡其上，花時如錦。石門寺因夢而建，置鐘、鼓雜物具足。」僧本立，銳意佛門，率為一方香火勝地。至北宋，寺院頗具規模，香火興盛。南宋後期，齊雲山月華街一帶道教香火逐漸興起，佛教備受冷落，日趨消沉，為齊雲山的道教興盛揭開序幕。

皇家鎮嶽

齊雲山開闢為道教名山皇家鎮嶽，始於南宋寶慶年間（1225至1227年），方士余道元自黟北（黃山）遊至齊雲山天門岩，得潛師天谷子印石「宜我室此」，籌資興建佑聖真武祠於玉屏峰下。相傳真武大帝神像由百鳥銜泥塑立而成，昭世靈驗，崇拜道教的居士信徒，紛紛解囊，獻地輸財，築祠建觀，香火日盛，道士漸增，奠定了道教基礎。明代以來，齊雲山道教日趨興盛，四方來禱者，絡繹不絕。明弘治、正德年間，齊雲觀道士汪泰元、方瓊真等又大舉興工修建了道德岩、圓通岩等，在紫霄崖建有玉虛宮、天乙真慶宮、治世仁威宮，在桃花澗建淨樂宮，在月華街建榔梅庵等，又於華林塢種植果樹數百株，鑿塘墾田，作為道士住持生活及祭祀香火之資。

明嘉靖、萬曆年間，齊雲山真武道場進入鼎盛階段。嘉靖十一年（1532年）登基多年未得皇嗣的明世宗降旨求嗣，旨意稱齊雲山乃北極真神之福地，特遣妙應真人李得晟，恭詣神祠下，修建「金籙祈恩求嗣繼緒保國大齋」七晝夜。次年果然誕生皇子，且一發不可收，數年中又相繼誕生數位皇子。明世宗因此龍心大悅，對齊雲山真武神的靈應深信不疑。嘉靖十七年（1538年）六月，又遣第四十八代天師正一大真人張彥頨，前往齊雲山北極佑聖真君神祠下，啟建金籙大齋，酬謝神靈「錫嗣繼統」之恩。同月還啟建「金籙祈恩保母安疾永壽延禧大齋」，為太后祈福。又設玉籙大齋，祈求神靈消除皇帝瘡疾。至此，齊雲山真武道場升格，成為列入國家祀典的場所。其主體建築齊雲觀更名為「玄天太素宮」，受皇上敕旨保護，並獲得免稅特權。嘉靖二十年（1541年）九月，又因張彥頨奏請，禮部奉旨：道士朱宗相准授太常寺寺丞兼本宮事，汪曦和除授提點，鑄降印記，公同管理道眾，晨夕焚修。

道教法事

齊雲山做道場主要根據事主要求設定祈禳儀式，俗名「做事業」。在道場中擔任較高職務的稱為「都講」、「高功」，必須熟悉經咒的念唱、吟表、禹步等動作，以及鑼、鼓、扳鼓、鈸、笙、笛等樂器的演奏。齊雲山道場2010年被列入安徽省級非物質文化遺產名錄。道場因事主的要求不同，其內容、形式與名稱亦各有殊異，如祈福、禳災、求平安以及超渡亡魂等。做道場時，道士着法衣道袍、抱笏登場，操婺源鄉音，誦經念咒，悠揚悅耳，別有腔調。

規模最大、時間最長的道場稱「羅天大醮」，此法事專為秉承帝王赦命，或沙場為國捐軀以及天災大難中犧牲者超渡亡靈而舉辦，此類為期七晝夜以上之法事，平常尚屬少見。通常各大村族祠，每年一度的中元節（農曆七月十五）多有「放焰口」法事活動，水陸道場，一夜之需，費用不菲。一般中小型齋醮，多在香客逗留的道房或宮觀舉行。

道教音樂

道教音樂的來歷，據史料記載：「陳思王遊魚山，聞岩裏有誦經之聲，清遠嘹亮，因使解音者寫之，為神仙之聲。道士效之作步虛聲。」道教音樂主要用於道士們誦經、贊禮及各種祭祀、齋醮活動，所以又稱「道場音樂」、「法事音樂」。道場法事，必須鑼鼓樂器配合以增加其莊嚴、強烈的氣氛。儘管幾經磨難，齊雲山道經樂譜多有流失，但齊雲山道教協會成立後幾經努力，多方收集及據老道士回憶，加以整理，現仍保存大部分。齊雲山道樂採用原始老譜「工尺譜」曲調（工、尺、上、乙、是）演奏，具有優美怡淡、縹緲飛翔的韻律。目前演奏的主要曲牌名有《步虛韻（高步虛、繞壇三步虛）》、《駐雲飛》、《真香初炷》、《大開門》、《頒赦》、《送飯》等。2008年6月，齊雲山道場音樂被列入國家級非物質文化遺產名錄。2011年，齊雲山道樂表演藝術團成立並經常有演出活動。

香會

香會是八方四鄰的善男信女朝聖齊雲山的一種群眾活動。齊雲山香會一般從農曆七月初一開始，至十月初一結束。每年初秋，各道房即派人分赴各縣鄉邀約老主顧，山上則整潔房舍，清掃道路，做好迎接香客登山準備。農曆七月初一，由道長為首，率各院房道眾大齋之日，並在玄天太素宮做大型「禳星」道場，祈求玄天大帝保佑香火平安，道業興旺。十五日為中元節，俗稱「祭鬼日」。各院房道士，彙聚太素宮，為那些孤魂野鬼做水陸超渡道場。七月十五以後，浙江省淳安、開化、江西省婺源以及徽州各縣的各路香客和香會團體組織，依照固定吉日起程進香，如「曾元會」、「三多會」都在七月十九日；「禮敬會」定於九月初一；「誠敬會」為九月十六日。高潮則是九月初九「重陽會」（即玄天上帝登極之日），永安「百子會」以及各鄉有名望的百子香會，都不約而同地在這天進香，零散的香客信士也很多，熱鬧喧嘩，盛況空前。