九華山佛教寺廟從整體布局來看，可分為三個建築群。一、從九華山腳下的二聖殿開始至九華街，盤山公路像一條玉帶，把眾多寺廟串聯起來，主要有甘露寺、龍池庵等。二、九華街附近，集中了九華山各大主要寺廟，號稱「佛國仙城」。晨鐘暮鼓，香煙繚繞，僧尼、遊客往來如鯽。主要有祇園寺、化城寺等。三、閔園至天台沿途，「雲封天際路，煙鎖梵宮樓」，閔園主要是尼庵所在。隨着上天台的山路漸高，危崖絕壁之間的寺廟建築也愈奇險。

化城寺

化城寺坐落在芙蓉山下的九華街。化城寺為九華開山寺，是九華的「總叢林」。東晉隆安五年（公元401年），印度和尚杯渡曾在此築室為庵。唐至德年間（公元756—758年）改建，以地形如城命名為化城寺。寺依山勢而造，分門廳、大雄寶殿、後進、藏經樓共四進。殿內有清代康熙皇帝御書「九華聖境」橫匾和乾隆皇帝御書「芬陀普教」橫匾，殿後有明代崇禎皇帝御書「為善最樂」橫匾。大雄寶殿與藏經樓之間有個小院，院內東西兩壁上嵌有十四方碑刻：明刻碑記三方，清康熙等年間碑刻十一方。藏經樓是全九華山珍貴文物薈萃之處。樓上兩邊高大的櫃、架上，收藏着九華山許多珍貴寶物。藏有明正統五年（1440年）印的涅槃經6,777卷，每卷封面封底都是用不同花紋和顏色的織錦裝裱而成，雖數百年，裏外卻完好無損；翻開潔白的宣紙經卷，木刻印製的字跡和畫面極為清晰。化城寺前是一個面積約十畝的廣場，即化城寺廣場，九華山舉行較大的室外活動大都在這裏舉辦。廣場一側有一塔基，名「娘娘塔」，其來歷及塔身無從考證。化城寺階下有一蓮池，名放生池，又稱偃月池。

旃檀林

旃檀林在小琵琶峰下，與化城寺相對，建於清代光緒年間，是「旃檀禪林」的簡稱。旃檀香木是佛教徒向佛頂禮膜拜時焚燃的最好香料，也是雕製佛像的珍貴良材。當初和尚創建這座寺院，採伐了丘上的古木大樹用作棟樑，故而命名為「旃檀禪林」。旃檀林主樓山門內為兩層佛殿。樓前天井有巨幅壁畫，名為「墨龍行雲圖」，龍首向下噴水，鯉魚向上騰躍，也稱「魚龍變化圖」。滿堂佛像，金光燦爛，莊嚴肅穆。正中供奉釋迦牟尼佛，兩旁侍立的是阿難、迦葉，兩側是觀音和地藏菩薩，統稱為「一佛二菩薩」。後殿是韋陀殿，韋陀殿前有兩個小雕像。從殿後便門穿過走廊，到花廳小院，豁然開朗，廳前迎門牆壁上書有「山中天」三個大字。閒坐花廳，可欣賞神光嶺、芙蓉峰上萬木蒼翠，白雲嫋嫋，群鳥飛翔的美景，悅目清心，故稱「山中天」，又稱「福地洞天」。

上禪堂

上禪堂，原名景德堂，清康熙六年（1667年）經國師玉琳和尚的弟子宗衍和尚重新擴建，改用今名。上禪堂前，照壁、高牆如屏風，藉以隔離市井擾攘，保持寺內清幽。山門迎面的彌勒佛龕旁懸掛一口黃銅大鐘，重千餘斤，鑄造精緻，鐘口上的佛像凸出鐘面，面目傳神，栩栩如生。過佛龕進入正殿。正殿橫樑有三層浮雕：有群臣在廟堂議事，有將軍在馬上作戰，一組組人物故事，頗為生動。殿旁有泉，泉上岩石鐫有「金沙泉」三個大字，相傳為唐詩人李白手書。此泉水不盈甌，四時不竭。泉邊有金錢樹一株，也即金錢柳，民間傳為「九華三寶」之一。所謂「九華三寶」，指金錢樹、娃娃魚、丁當鳥。

東崖雲舫

東崖，原名東峰，又名晏坐岩、捨身崖。相傳金地藏初至九華山時，就在此峰岩之上晏坐苦修。明代王陽明被貶，寓居九華，因見峰上巨石嵯峨，便更名為東岩，又名東崖。東崖峰離化城寺僅三華里。仰望峰頂巨岩，如游龍戲水，俗稱「龍頭石」。岩頂離路面約二丈多高，岩西壁崖上，有「雲深處」和「雲舫」兩處石刻。「雲舫」兩字為王陽明當年親筆所題。近觀巨岩，狀似艦船，當地人名其曰「船石」，故有「雲舫」之稱，雲舫亦即「晏坐岩」。雲舫巨岩，具「壁立成仞」之勢：東可見天柱、五老等峰；南可望天台、十王、缽盂諸峰；西可看神光嶺並鳥瞰九華街與化城寺；極目北眺，澄江如練，橫於天際。岩下東臨峽谷深淵，清流繞腳下而過。佇立石舫，如乘艨艟巨艦，航行在浩淼煙波之上。雲舫岩下東南隅，有一古老鐘亭屹立在懸崖之上，亭為六角形的兩層樓閣，高三丈，內懸一口古銅鑄「幽冥鐘」。亭內晝夜有僧人撞鐘。

肉身寶殿

肉身寶殿，簡稱肉身殿，又稱肉身塔、月身寶殿，坐落在神光嶺上，是佛教徒朝謁九華聖地的主要寺廟。肉身寶殿殿前平台有84級台階，取「九九八十一」再加三級之數。殿頂全部是鐵瓦覆蓋，二十多根石柱環立四周回廊內外。重簷斗拱、雕樑畫棟，重簷上雕有蟠龍、彩鳳、青獅，風鐸叮噹隨風作響。抬頭便見「東南第一山」大字金匾高懸廊下。青花古瓷製成的「肉身寶殿」豎匾，懸掛在殿宇前後兩門的高處。南北簷下石柱上均刻有對聯。塔殿方形，長寬均五丈，高約六丈。殿內的木質寶塔，以漢白玉為塔基，共七級，八角形，玲瓏剔透。木塔內即地藏肉身所在的三級石塔。木塔內壁，有用赤金貼寫的《地藏本願經》。塔八面每層皆有佛龕，每個龕內均供奉金地藏金色坐像。殿西廂房是「佛教文物陳列室」，陳列有珍貴的梵文貝葉經，明代皇宮內供佛用的銅質供碟，唐至德年間鑄造的蠇龍金印、「利生」玉印、明萬曆年鑄造的龍印，有古銅爐鼎和古銅「諦聽」。殿北門廊下，有黑底金字的小篆橫匾，為地藏菩薩誓言：「眾生度盡，方證菩提；地獄不空，誓不成佛」，是當年北洋政府總統黎元洪所書。北門前名「布金勝地」，是個半月形瑤台，有三座大鑄鼎並列於前，為香客焚香之處。

慧居寺

慧居寺，原名慧慶庵，清末葉擴展為「叢林」大寺，遂改名「慧居禪寺」。從閔園上天台，登高500米處即是慧居寺。寺前山坡竹林中，有一曲徑幽道通向華嚴洞。古人吟詠此處：「密樹藏金碧，山空應鼓鐘」。大殿佛像兩邊楹聯曰：「前後三三參交凡聖，峰巒九九名重東南」。殿門匾額有一長聯：「長江此仙塹，雲海蒼茫，時聞天風傳塔語；九華真佛國，梵宮巍峻，日看神嶺散爐煙。」出正殿，進後殿，後殿樓下是「地藏殿」，樓上為「觀音樓」。出慧居寺再往上，山路更陡峭，左邊是巉岩峭壁，右邊是峽谷懸流，路邊岩壁上刻有「天梯」兩字，正說明道路之險猶如登天。

古拜金台寺

相傳金地藏曾在此拜誦《華嚴經》，僧人建此寺紀念，稱其為「古拜經台」。從大雄寶殿旁上石階十餘步，即到金地藏拜經遺址，右邊牆壁上嵌有「古拜金台」石刻。古拜金台寺外的懸崖上，有塊巨石，名「大鵬聽經石」，俗稱「老鷹爬壁」。此巨石就像一隻巨大的老鷹貼俯在岩壁上，兩翅與尾巴緊緊收縮，維妙維肖。

天橋寺

天橋寺，亦稱半山寺，俗稱吊橋，古名翠雲庵。它背依嵯峨山峰，前臨千仞絕壁，險峻異常。殿前為室內走廊，走廊東西各有一小門出入，是遊天台往來的咽喉要地，亦是登山休息觀景之處，正如廊下楹聯所云：「來到半山坐一坐，再走五里天上天。」天橋寺西有打鼓峰，北靠獅子峰，東望關刀峰，近處有古老的石雕三級浮圖。俯視可觀閔園全景。

天台寺

天台寺，又名地藏禪林、地藏寺，明初始建，清光緒年間重修。它矗立在天台峰懸崖峭壁上，是個五層走馬通樓式的建築群，遠看像一座雄偉的城堡。寺門在龍頭峰、龍珠峰間的渡仙橋下，拱形大門有「中天世界」四個大字，旁題「非人間」三字。地藏寺歷史悠久，相傳金地藏曾在此居住。進入寺門，便見彌勒佛像，地藏殿、大雄殿、萬佛樓三進殿堂通連。出彌勒殿角門，殿外岩石上有一凹下的巨大腳印，傳說是地藏留下的足跡。一條窄路通至「捧日亭」，亭高丈許，呈六角形，於清乾隆二年（1737年）用花崗岩琢成。亭前有一焚香爐，是僧侶香客焚香許願之處。前人作《捧日亭贊》，稱在這裏可捧日、可攬月、可摘星，是觀日出、看雲海的絕佳之處。從寺後門上天台最高處──雲峽。兩塊巨大岩石，並峙如門，只容一人通行，右邊岩石上刻「雲峽」二子，左邊岩石琢「一線天」三字。