遼、金、元分別是由契丹、女真、蒙古族建立的王朝，它們的職官體系既受到唐宋政治制度的影響，同時又保留了一些來自統治民族原有的政治制度成分。遼代官員分南北兩系，北方官員用傳統契丹部族制度管理契丹事務，同時有樞密院統管全國事務；南方官員用漢制管理漢人事務。地方上同樣分族而治。金代從熙宗（1135—1149年在位）一朝開始，大規模採納中原王朝的政治制度，但女真舊制中君主絕對專制的色彩仍然保留。中央只設尚書省，中書、門下二省取消，實際上宰相的輔佐出令權被剝奪了。元代仿金制，設一省，名為「中書省」，其實也僅是執行機構。另外，元代一直保留蒙古舊制中的怯薛組織，該組織成員與君主間的主奴意識，廣泛蔓延至整個官僚體系。元代在地方上，不僅讓蒙古舊制中的分封制繼續保留，新施行的行省制其實也帶有強烈的舊制色彩。

遼代行雙軌官制，中央和地方均設立兩套不同的管治體系，官員亦分南北兩系，將北方的契丹人與南方的漢人，以不同的制度分開管治。北方官員設立的中央機構中，最重要的是「北樞密院」，長官為北樞密使，實際上統管全國軍事行政事務。另有掌管刑獄司法的「夷離畢院」，長官為夷離畢；掌管文書詔令的「大林牙院」，長官為都林牙。南方官設立的中央機構中，最重要的是「南樞密院」，長官為南樞密使，負責漢人兵事。在地方上，契丹舊地和北方游牧民族地區，仍實行兵民合一的部族制，漢地實行州縣制。不過，從韓德讓與承天太后的故事中，可以看出遼代職官其實沒有統一的定制。

金代建國初，官制簡單，軍民合一，千夫長為「猛安」，百夫長為「謀克」。自熙宗（1135—1149年在位）開始，大規模推行漢制，但在地方上「州縣制」與「猛安謀克制」並存。金代官制最重要的特點，是保留了北方女真民族君主極度專制的色彩。中央設尚書省為最高行政機構，有左右丞相、平章政事，稱宰相；左右丞、參知政事，稱執政，與宰相統稱「宰執」，他們實際上都只有執行權。金代尚書省之下分置左右司，官員有郎中、員外郎，兩司分別督察下屬吏、戶、禮三部，和兵、刑、工三部事務。金代也設樞密院管軍政，長官為樞密使，但樞密院和尚書省許可的權力分工，沒有宋代那樣分明。

元代中央設中書省為最高行政機構，實際上也只是執行機構。設右丞相、左丞相、平章政事，稱「宰相」；右丞、左丞、參知政事，稱「執政」，與宰相統稱「宰執」。蒙古人習俗尚右，故右丞相和右丞地位在左丞相和左丞之上。中書省之下有右、左司領「六部」。中央軍事機構是樞密院，設知樞密院事、同知樞密院事等官，與中書省職權劃分也不是太嚴格。監察機構為「御史台」，設御史大夫、御史中丞等官；在地方上設置兩個行台，設官仿照中央御史台。元世祖忽必烈（1260—1294年在位）把中書省比喻為自己的左手，樞密院比喻為右手，兩手有病就讓御史台去醫治。元代御史監察系統實現了從中央到地方的高度統一，但御史台官員品級高，又常任，像玉昔帖木兒任御史大夫，一當就是20年。台官經常和中書省等機構官員來自同一家族，脫脫為右丞相時，他弟弟就是御史大夫，所以元代監察系統常常不能像忽必烈說的那樣能醫治他的「兩手」。當然歷代監察系統都只對皇帝負責，這本身就造成了監察系統很難有大作為，相反常常會成為政治派別鬥爭時的工具。在三大機構以外，中央還有管佛教和吐蕃（西藏）事務的「宣政院」等機構。地方上一級行政區劃是行省，本為中書省派出機構，後成為常設行政單位，設官仿照中書省。行省以下有路、府、州、縣等單位，但行政級制不統一。此外，分封制仍有所保留，而行省制本身即帶有分封制色彩，所以權力甚重，集地方軍、民、財和司法權於一身。

元代的怯薛組織，本是宮廷禁衞軍，成員稱怯薛歹，輪番宿衞宮廷。除宿衞外還分管宮廷內部各項事務，如司廚、掌酒等，與君主很接近。省、院、台以及行省等機構高級官員多出身於怯薛，他們任外廷職務時仍保留怯薛職務，輪到值班那天須入宮宿衞。怯薛歹世襲，以做皇帝家奴為榮。例如宰相脫脫15歲時做怯薛，當宰相的同時，他還一直在怯薛中任職，輪到他值班的那天，還得到宮廷裏為皇帝做宮廷內務事。元順帝太子幼年時由脫脫妻哺乳，因此脫脫又被呼為「奶公」。這種習氣逐漸蔓延到官僚系統中，造成中國古代君臣關係主奴化的不良發展。元代還有一個特殊的官名「達魯花赤」，它是蒙古語，意為鎮守者，置於地方（路、府、州、縣）、軍隊、諸衙門，為最高統治長官，起監守作用。法律規定只有蒙古人才能充任，缺少蒙古人時可由色目人充任，這種設置方法具有民族壓迫的特點。