黑沙遗址是澳门最早开展考古发掘的地点。1972年，香港考古学会在路环的黑沙、竹湾、九澳、路环市区等地进行考古调查，其中在现今黑沙公园发现丰富的文物。其后，黑沙遗址在1973、1977、1985、1995及2006年进行多次考古发掘，其中出土多件新石器时代的石器及陶片。这些出土文物不但证明路环在距今6000至7000年前已有人类活动，也说明他们与珠江三角洲地区的文化有密切联系。

1995年，香港中文大学与澳门大学的考古人员在黑沙遗址发现一处玉石作坊遗迹，出土包括环玦饰物、石孔芯、石坯原料等，以及加工用的工具，如环砥石和石锤等，为研究华南地区史前玉器工艺技术提供宝贵资料。

欧维士在1513年（正德八年）抵达中国后，葡萄牙国王曼纽一世（Manuel I）计划派遣使团与中国建立外交和贸易关系。在葡印总督阿尔伯加瑞亚（Lopo Soares de Albergaria）的安排下，道咩啤利士（Tomé Pires）以使节的身份前往中国，他原为葡萄牙王室的宫廷药剂师，其后被派往亚洲担任代理商（Feitor），而他也编写描述亚洲的著作《东方志》（Suma Oriental）。

葡萄牙使团在1517（正德十二年）年抵达中国，寻求向明朝入贡但被拒绝。在翻译火者亚三贿赂广东的宦官之下，葡萄牙人以马六甲使节的身份再次申请入京（葡萄牙人在1512年占据马六甲，而马六甲是明朝的朝贡国），1520年（正德十五年）允许朝见。然而，当正德皇帝在1521年（正德十六年）病逝后，火者亚三因勾结江彬而被处决，加上假扮马六甲使节被揭发，葡萄牙使团被继任的嘉靖皇帝押回广州囚禁，下落不明。

在道咩啤利士被囚禁的同时，广东海道副使汪鋐也驱逐在Tamão岛的葡萄牙船队，葡萄牙船只在多日的围攻下最终逃回马六甲。1522年（嘉靖元年），葡萄牙贵族别都卢（Martim Afonso de Melo Coutinho）的船队试图向明朝寻求议和，但汪鋐率领新会广海卫水师在西子湾击退之。在外交和军事上挫败后，葡萄牙人开始于中国沿海走私。

尽管明朝严禁葡萄牙人入华贸易，但中国在朝廷的海禁之下，民间对舶来品的需求有增无减。另一方面，明朝与日本之间的贸易因1523年（嘉靖二年）的“宁波之乱”而中断，导致闽浙沿海出现大批走私集团。这批走私商人成为葡萄牙人在中国的贸易对象，并且在宁波附近的双屿岛（Liampó）上建立据点。

飞能便度（Fernão Mendes Pinto）在《远游记》（Pilgrimage）提及双屿港的盛境：“当时那里（双屿港）还有3000多人，其中1200为葡萄牙人，余为其他各国人……这里有300人同葡萄牙妇女或混血女人结婚。有两所医院、一座仁慈堂，它们每年的费用高达30,000克鲁扎多（Cruzeiro）。市议会的岁入为6,000克鲁扎多。一般通行说法是，双屿比印度任何一个葡萄牙人的居留地都更为壮观富裕。在整个亚洲，其规模也是最大的。”

虽然飞能便度的记录过于夸大，但双屿港确实成为重要的走私据点，也由于这里过于“繁华”，浙江巡抚朱纨在1548年（嘉靖二十七年）清剿且封锁双屿港。葡萄牙人其后逃回广东的上川岛及浪白澳走私，直到澳门开埠为止。