九世纪末叶至十三世纪初，西藏处于分裂割据状态。蒙古势力崛起后，西藏佛教萨迦派首领萨迦班智达劝说西藏地方僧俗首领，接受了蒙古大汗窝阔台次子阔端的招抚，归顺了蒙古。

忽必烈于1260年继蒙古汗位，1271年建立元朝。忽必烈封萨迦班智达的侄子八思巴为国师、帝师，令其统管全国佛教并主持西藏地方政教事务，把西藏正式纳入中国版图。元朝在中央设立宣政院（前身为释教总制院），管理全国佛教及西藏地方事务。并建立西藏地方行政机构，设置了三个宣慰使司及其下属机构。从此，藏族成为中华民族大家庭中的一员，西藏成为中国领土不可分割的一部分。

1368年，朱元璋建立明朝，沿袭元朝对西藏的统治，推行卫所、土司制度。明朝在西藏采取广泛分封的政策，给喇嘛首领以各种名号的封授。受封者互不相属，但都服从于明朝中央政府。明永乐皇帝封噶玛噶举派黑帽系第五世活佛得银协巴为大宝法王，封萨迦派首领昆泽巴为大乘法王，宣德皇帝封格鲁派首领释迦也失为大慈法王。这就是“三大法王”。另封授了五大王（阐化王、赞善王、护教王、辅教王、阐教王）和许多的大国师、国师、都纲、觉义等僧官。总体而言，明朝在西藏的统治比较宽松，不及元朝控制严密。

满清入关前，已与西藏建立联系。1644年清军入关，在北京建立清朝后，先后册封达赖和班禅两大活佛转世系统，利用他们在藏传佛教中的崇高地位，管治西藏。

康雍时期，在平定蒙古势力在西藏发动的叛乱以后，先后建立噶伦制度和设立驻藏大臣。1751年（乾隆十六年），清政府颁布《西藏善后章程》（即十三条），正式建立地方办事机构噶厦，授与达赖直接管辖西藏政务的权力，地位和职权与驻藏大臣平等。1793年（乾隆五十八年），在击退廓尔喀入侵以后，又颁布《钦定西藏章程》（又名《藏内善后章程》、《二十九条章程》），内容包括政治、经济、军事、外交、宗教等各方面，是清朝管治西藏的根本性文件。经过康雍干三朝，中央政府对西藏的管治大大加强了。