《牡丹亭》的直接根据是明代话本小说《杜丽娘慕色还魂》。叙写南宋时江西南安太守杜宝的独身女丽娘，受《诗经‧关雎》启发，青春觉醒，私游后花园，梦中与一书生幽会，从此春情难遣，抑郁而死。杜宝升官离任，在花园中为丽娘造一坟墓，并建一梅花观。三年后，岭南书生柳梦梅游学赴考，过南安借宿于梅花观。某日闲游花园，拾得丽娘自画像，日夜观赏呼唤，和画中人的阴魂幽会。柳梦梅掘墓开棺，杜丽娘还魂回生。二人结为夫妇，同往临安。柳生应试，因金兵南侵，发榜延期。柳生受丽娘之托，到淮安拜见杜宝。杜宝视柳生为骗子和盗墓贼，吊打拷问。后闻柳生已中状元，才将他释放。但杜宝不相信丽娘复活，更不承认女儿的婚事。最后闹到皇帝面前，反复考察，杜丽娘与柳梦梅遂成合法夫妻。剧中主人公杜丽娘为自由爱情而出生入死，表现了封建社会的青年男女对自由生活的强烈追求，控诉了封建礼教对人们合理的生活欲望的扼杀，宣布为理想的爱情而奋斗的“至情”可以超越生死界限。

《牡丹亭》写了两代人的斗争，斗争的焦点在于，是要“情至”新观念，还是坚持封建主义。汤显祖在剧中所肯定和赞美的是“情至”，在我们看来，“情至”观念与封建主义的矛盾斗争，构成《牡丹亭》的戏剧冲突。如果说，《紫钗记》是“情至”与强权的矛盾斗争，最后是“情至”战胜了强权的话，那么《牡丹亭》就是“情至”与封建主义的矛盾斗争，最后是“情至”战胜了封建主义。

剧中主人公杜丽娘为情而死的经历说明，从现实到梦境，从死去到复生，始终贯穿着现实的要求，亦即通过自己的追求，去创造一个符合自己理想的现实世界。全剧的情节结构抓住了杜丽娘和柳梦梅的“同梦”，关键则在杜丽娘的死生之际，写儿女之情可谓别出心裁，最后由人鬼相恋到复生结合。如此构思和处理，当然是超现实的浪漫主义。和全剧深邃的思想内容和浪漫主义的基调相吻合，《牡丹亭》还善于运用情景交融、意境幽深的曲文，采用抒情诗的手法，倾泻人物内心的感情。从《牡丹亭》的全部剧情看，汤显祖鲜明地以合乎自然、合乎正义、合乎被压抑人们要求的情的思想来反对封建专制，反抗封建顽固势力宣扬的性、理之学。通过杜丽娘死后的继续追求，表达了她们对生命、自然、爱情、自由的热爱，代表了那个时代千千万万妇女的意志，体现了个性解放的要求和强烈的时代精神。汤显祖的伟大之处，是他对前代文学作品，既有因袭，更有创新和超越。