袁世凯担任临时大总统后，窃夺了中央和地方的许多权力，但他不能完全控制社会政治局面，也不可能使一切回复旧观，因为革命派依然把握着七八个省的控制权，保留着十多万军队，所以共和的气氛依然存在。与此同时，不少政党纷纷成立，它们不断分化和组合。袁世凯为了进一步攫取权力，竭力拉拢、收买一些政党作为他的御用工具。可见当时社会政治上一片混乱。
由同盟会和几个小党派联合改组成的国民党，其实际领导者宋教仁等，则以“议会政治”、“政党内阁”作为与袁世凯抗争的工具。国民党在临时参议院中占有三分之二以上的席位，并在1913年的第一次国会选举中获得了相对多数。由国民党人组阁，看来已是水到渠成。宋教仁出任内阁总理的呼声很高。可是，政党政治并未能捍卫初生的共和国。
国民党在临时参议院中成为第一大党，与为袁世凯支持的共和党和民主党对峙，并在第一届国会正式复选中，击败了共和党和民主党，在870个席位中占有392席，获得相对优势。国民党的目标──争取议员多数，以组织政党内阁──似乎正在实现。袁世凯对这种挑战当然忌恨，宋教仁更成为他的眼中钉，必欲去之而后快。1913年3月，袁世凯指派刺客，将到处奔走呼吁组建政党内阁的宋教仁暗杀于上海火车站。
宋案的枪声惊醒了正在日本访问的孙中山。他立即返回上海，放下正在筹划铁路建设的事务，主张武装反袁。由于国民党内意见分歧，不少重要人物主张法律倒袁或国会倒袁。因此，直到7月中旬，李烈钧才在江西湖口举义，江苏、安徽、广东、福建、湖南、四川等省相继起兵讨袁。然而，起义军各自为战，力量薄弱，很快就被早有准备的袁世凯击败。9月中旬，四川讨袁军放弃重庆，历时两个月的二次革命随之结束。孙中山再度流亡国外，在日本策划三次革命。伟大的辛亥革命，至此以悲剧告终。
