近代中国正式的大学以京师大学堂的创立为开端，迄今已逾百年。其间经历清末废科举、兴学堂；民国改革学制、大学内迁；新中国院系调整、大学兴替等复杂的演化过程。

1895年清政府败于日本，民族危机空前严重。受割地赔款、丧权辱国的刺激，国内掀起变法救亡运动。以康有为、梁启超、严复、谭嗣同为首的维新派，痛陈时弊，力求变革。在变法浪潮的推动下，近代新式大学应运而生。

1896年6月，刑部左侍郎李端棻首次奏请设立京师大学堂。在维新派推动下，1898年7月，作为“百日维新”的重要措施之一，光绪皇帝诏令孙家鼐为管学大臣，负责筹办京师大学堂。梁启超拟定有关章程，采纳近代西方大学的课程模式。1898年12月31日，京师大学堂正式开学。这是中国近代第一所国立大学。因受变法失败影响，大学堂实际仅设诗、书、易、礼四堂，春秋二堂，学生不及百人。许景澄、丁韪良分别被聘为中文、西文总教习。八国联军占领北京后，学堂停废。

1902年1月，京师大学堂复办，由管学大臣张百熙总司其责。另聘吴汝纶为大学堂总教习，日本文学博士服部宇之吉、法学博士岩谷孙藏等为教习。先设预备科，分政科和艺科，同时设速成科，分为仕学馆和师范馆。10月14日举行招生考试。12月17日宣布正式开学，这一日起作为此后北京大学的校庆日（新中国建立后改为5月4日）。1910年3月，京师大学堂正式开办分科大学，开设除医学以外的7门学科。

其他省立大学堂

1895年10月2日，天津海关道盛宣怀创立天津中西学堂（又称北洋西学学堂），内设头等学堂、二等学堂。美国传教士丁家立（Charles D. Tenney）为学堂总教习。这是中国近代第一所含有普通和专门两级制的学堂。头等学堂开办之初，仅具近代大学雏形。1903年4月，复办后的天津中西学堂改名为北洋大学堂；1906年开始举办本科教育。

1902年3月，山西巡抚岑春煊改太原令德堂为山西大学堂。英国传教士李提摩太（Timothy Richard）为消解山西人民对英国侵略者的反抗，拟将庚子（1900年）晋省“教案赔款”白银50万两就地兴办中西大学堂。经双方议定，合办山西大学堂，内分中学专斋、西学专斋。高燮曾与英国人郭崇礼分任中斋、西斋总教习。办学之初，中斋只设中等科，西斋只设预科；自1906年先后设立高等科和本科。1911年山西大学堂西学专斋由山西省收回自办。