1946年沈从文复员回到北平，住在中老胡同北大宿舍。他在北京大学继续任教，同时给平津地区四个报纸，包括天津《益世报》、《大公报》、北平《经世报》、《平明日报》编副刊。文学教学和编辑工作非常忙碌充实，但是他的心却因国内时局的动荡而灼痛。他写了表现湘西的最后佳作《巧秀和冬生》、《传奇不奇》，本计划接续《边城》写十个水边城市，终于被局势所打断。他的生命形式正面临着巨大转变，他没有离开大陆，但他的文学以及这几年就国家前途命运所发的书生议论，使他隐隐预感到自己将付出代价。

1948年底，人民解放军逼近古都北平，沈从文决定拒绝直飞台湾的飞机票而留下，并不觉得有多大困难。他来自下层，懂得这种变化是人民的历史选择。但几年前发表《从现实学习》后，他受到过非议。由凤凰人组成的国民党73军77师在山东全军覆灭的悲剧令他深思。他在思想上超脱国、共两党甚至“第三种力量”的政治，使他遭到更严厉的批评。最后，左翼的权威作家发表了《斥反动文艺》一文，将他定为“桃红色”作家。北平和平解放，他所在的北京大学贴出标语，重抄了《斥反动文艺》对他指责。他的思想陷入迷乱。他无从理解，于是发生了自戕事件。

1950年秋，沈从文弃文（学）从文（物），来到北京的历史博物馆工作，这意味着他要和文学告别。他当时所做的抉择包含了怎样的痛苦，已成为历史之谜。他到中央革命大学学习了近一年，1951年11月于香港《大公报》发表的《我的学习》，即这次入学的体会。收罗文物曾是他多年的业余爱好，现在成了专业，每日上班为陈列展品写标签。 1964年，当时的文化部副部长齐燕铭向他传达了周恩来请他研究古代服饰的建议，到第二年，他就拿出了初稿。文革中毁损了所有资料，他下放到湖北咸宁干校时，竟用默写方法恢复了该书部分图像。 1978年，他调入中国社会科学院历史研究所，配备了助手，终于在1981年出版了《中国古代服饰研究》这一巨作。他在中国物质文化史的研究方面同样做出了贡献。

沈从文几次回归文学均遭失败。在中央革命大学时，曾想写一个有个性的伙房厨师，没有写成；1953年，开明书店来了一纸通知，说他的作品因过时，已将其全部纸型销毁；1960年形势放松，他与18名作家一起去江西井冈山地区体验生活，计划写其妻家所出的一位革命烈士张璋，本打算住三年，却几个月便随同全体人马下山。但是，他对家乡魂魄萦环、挥之不去的思念无法斩断。 1956年他回过凤凰一次。 1982年，他最后一次还乡，听七十多岁的老人演傩戏的时候，嘴里念刀着“楚声”、“楚声”，流下了眼泪。 1983年他中风瘫痪，1988年5月10日在北京逝世，按他的遗愿，葬在凤凰。墓碑用的一块天然石头，上书他的话：“照我思索，能理解我；照我思索，可认识人。”