明建文四年（1402年），以「靖难」为名起兵的燕王朱棣攻进京师南京，从侄儿手中夺得帝位，即位于南京，是为明成祖。明成祖即位后，升北平为北京，兴工营建北京宫殿，以作巡幸居所。同时，遣大臣负责采伐木料，烧制砖瓦，为备建造更大规模的北京宫殿建设。

永乐十四年（1416年），北京宫殿的建设计划正式动工。第二年营建工程全面展开。至永乐十八年（1420年），以紫禁城为核心的宫殿建筑基本告竣。建成后的紫禁城周长3公里，城高10米。外有护城河环绕，四角有造型美轮美奂的角楼高耸。宫城四面开门。南为午门，北为玄武门，东为东华门，西为西华门。紫禁城的前部以奉天殿、华盖殿、谨身殿为主体，是皇帝临朝和举行大典的地方，文华殿和武英殿为左右两翼，紫禁城的后部是皇帝和后妃们居住的地方。以乾清宫、坤宁宫为主体，东、西六宫为两翼。北京宫殿建成后，明成祖决定迁都北京。北京正式升格为京师，南京成为陪都。紫禁城由此成为明朝皇帝居住、理政的场所。

满清入主后的改建

顺治元年（1644年）9月，清顺治帝抵北京，宣布即皇帝位。从此，紫禁城成为清代皇帝居住、理政的场所。清统治者入主中原，百废待兴，初无足够财力在紫禁城内大兴土木，只是对原有宫殿择其重要者复修、有限的改建和更名。顺治二年（1645年），重建了皇极殿、中极殿、建极殿，并将三殿的名称分别更改为太和殿、中和殿、保和殿。后人为避康熙玄烨名讳，又改玄武门为神武门。各门的匾额，以满文、汉文书写。

清室对宫内的部分建筑，据满族风俗改建。顺治十三年（1656年），仿盛京清宁宫，对坤宁宫改造。窗户改为外糊窗纸的吊窗，西部改为祭祀萨满教的神堂，中部改为祭神和吃肉的地方，东部则成为皇帝、皇后成婚的洞房。

在清朝国力相对强盛的乾隆朝，紫禁城内开始大兴土木，新建筑和宫殿群相继落成。乾隆三十九年（1774年）建了文渊阁，其后建了箭亭。从乾隆三十六年（1771年）开始，乾隆帝为归政后颐养天年，用了5年时间，在外东路兴建了太上皇宫殿和乾隆花园（即宁寿宫花园）。此外，乾隆朝还在宫内建立起许多佛堂。其中建于乾隆十九年（1754年）的雨花阁，是其中最大的一座，是藏传佛教的密宗佛堂。