在明朝时，现今菲律宾一带有吕宋、合猫里（今马林杜克）、蜂牙施兰（今邦加锡南）、苏禄、古麻喇朗等国。1409年郑和三下西洋路过苏禄，并会晤苏禄第二代东王叭哈喇，东王对中国繁荣富强十分仰慕。1417年，苏禄东王率领三百四十人的使团携带玳瑁、宝石、珍珠等礼物访问明朝，受到明朝政府热情接待。苏禄使团在北京停留27天，明朝回赠丰厚礼品，并安排官员护送他们回国。回国途中，苏禄东王不幸在山东德州驿馆病逝。永乐帝得知后，立即派遣礼部郎中陈士启前往吊唁，将东王的遗体按国王的礼遇葬于德州。次年，永乐帝又为东王亲自撰写碑文，称颂苏禄东王。东王墓前，还修建了亭堂、配殿、仪门、陵恩门等建筑，规模等同中国其他王陵。此外，永乐皇帝还钦赐守墓的王妃和两个儿子世代俸禄。至今在德州的东王后裔，已经到了二十代。

早在东汉、三国时期，中国人民已经知道了由台湾前往菲律宾的航线。唐代时，中菲文化往来密切，菲律宾沿海发现了不少唐代的陶瓷、古钱币和中国古墓可以证明这一点。宋代中菲贸易往来很多。根据《宋史》记载，今菲律宾一带“麻逸国”曾经在太平兴国七年（公元982年）载货到广州海岸。南宋赵汝适在《诸藩志》中提到，三屿、浦里噜、白蒲延等地都有中国的商船，船舶所到之处，菲律宾商人都会前来用土产换取货物。

中菲贸易在元代进一步扩大，三屿国常常有很多泉州商人。汪大渊在《岛夷志略》中记载了麻逸、苏禄的风土人情，当地人访问中国蔚然成风，渡海到泉州做买卖的男子回国后便身价倍增、受人尊敬。中国主要用丝绸、陶瓷、农具、铁器、铜器、白锡等货物交换菲律宾的珍珠、黄蜡、槟榔、竹布和香料等这些在中国备受欢迎的商品。

明代中菲关系又有新发展。1372至1424年，吕宋、合猫里、蜂牙施兰、苏禄、古麻喇朗等国曾经16次派遣使节访问明朝。1565年菲律宾群岛的大部分地区已沦为西班牙殖民地，明朝与菲律宾群岛多数国家的邦交关系就此中断。只有苏禄依然保持独立，为抗击西班牙而力图与中国保持密切关系，到1727和1744年还派遣过使节访问中国