在明朝時，現今菲律賓一帶有呂宋、合貓里（今馬林杜克）、蜂牙施蘭（今邦加錫南）、蘇祿、古麻喇朗等國。1409年鄭和三下西洋路過蘇祿，並會晤蘇祿第二代東王叭哈喇，東王對中國繁榮富強十分仰慕。1417年，蘇祿東王率領三百四十人的使團攜帶玳瑁、寶石、珍珠等禮物訪問明朝，受到明朝政府熱情接待。蘇祿使團在北京停留27天，明朝回贈豐厚禮品，並安排官員護送他們回國。回國途中，蘇祿東王不幸在山東德州驛館病逝。永樂帝得知後，立即派遣禮部郎中陳士啟前往弔唁，將東王的遺體按國王的禮遇葬於德州。次年，永樂帝又為東王親自撰寫碑文，稱頌蘇祿東王。東王墓前，還修建了亭堂、配殿、儀門、陵恩門等建築，規模等同中國其他王陵。此外，永樂皇帝還欽賜守墓的王妃和兩個兒子世代俸祿。至今在德州的東王後裔，已經到了二十代。

早在東漢、三國時期，中國人民已經知道了由台灣前往菲律賓的航線。唐代時，中菲文化往來密切，菲律賓沿海發現了不少唐代的陶瓷、古錢幣和中國古墓可以證明這一點。宋代中菲貿易往來很多。根據《宋史》記載，今菲律賓一帶「麻逸國」曾經在太平興國七年（公元982年）載貨到廣州海岸。南宋趙汝适在《諸藩志》中提到，三嶼、浦里嚕、白蒲延等地都有中國的商船，船舶所到之處，菲律賓商人都會前來用土產換取貨物。

中菲貿易在元代進一步擴大，三嶼國常常有很多泉州商人。汪大淵在《島夷志略》中記載了麻逸、蘇祿的風土人情，當地人訪問中國蔚然成風，渡海到泉州做買賣的男子回國後便身價倍增、受人尊敬。中國主要用絲綢、陶瓷、農具、鐵器、銅器、白錫等貨物交換菲律賓的珍珠、黃蠟、檳榔、竹布和香料等這些在中國備受歡迎的商品。

明代中菲關係又有新發展。1372至1424年，呂宋、合貓里、蜂牙施蘭、蘇祿、古麻喇朗等國曾經16次派遣使節訪問明朝。1565年菲律賓群島的大部分地區已淪為西班牙殖民地，明朝與菲律賓群島多數國家的邦交關係就此中斷。只有蘇祿依然保持獨立，為抗擊西班牙而力圖與中國保持密切關係，到1727和1744年還派遣過使節訪問中國。