兩晉南北朝時期，社會動亂多於安定，在醫藥學領域，醫藥學家多以不官而矢志醫學研究為追求目標，因此名醫輩出，成就不凡，他們分別在各個領域作出傑出的貢獻，醫學理論有所進步。

皇甫謐（公元215—282年），甘肅靈台人，本為以史學著稱的學者，42歲時因患風濕兼苦耳聾而立志研習針灸醫學，在《黃帝內經》及諸多名家的基礎上，撰成中國第一部針灸專著——《針灸甲乙經》，為針灸學中的經絡、腧穴、診法、治療病症等規範奠定基礎，影響後世千餘年，至今仍是針灸醫師研習的主要參考書。

葛洪（公元284—364年），江蘇句容人，後輾轉至廣東羅浮山中追求丹鼎與醫療方術之研究。他在煉丹中得出「丹砂燒之成水銀，積變又還成丹砂」的結論，頗富化學真知。在醫學方面，他積數十年之功，撰成《金匱藥方》100卷，惜因卷帙浩繁，未能傳世，著作的節本命名為《肘後備急方》，意為可以掛肘間的急救手冊，其內容務求簡、便、驗、廉（即簡單、方便、有效、廉宜）。所述諸種病證如瘧、痢、狂犬病、結核病、丹毒、恙蟲病等等，或為療效確切、或為醫學文獻首次記載、或開創免疫之先河。

王叔和（三世紀），高平人，曾任太醫令職，精研脈學，在前人基礎上將切脈診斷疾病與判斷預後的理論與技術，發展到一個新境界。他撰述的《脈經》一書，對千百年來的切脈診斷有着重大影響。他研習張仲景學術，將《傷寒雜病論》析為專門診治傳染病的《傷寒論》，與各科雜病的《金匱要略》，使之指導中國醫學發展千餘年，影響着國內外的中醫學說。

陶弘景（公元456—536年），江蘇鎮江人，一生隱居茅山，嗜學成性，「一事不知，深以為恥」，舉凡天、地、曆、數、醫術本草、博物，無所不通。多次婉辭齊、梁年間統治者出仕之邀，但梁武帝「每有吉凶征討大事，無不前往諮詢」，故時人尊之為「山中宰相」。在醫學方面，不但重編《肘後備急方》以廣其傳，更將《神農本草經》與當代《名醫別錄》，串編為《本草經集注》，使中國藥物由365種發展為730種，不但訂改修正前人諸多錯誤，而且在藥物分類與創「諸病通用藥」分類法方面，成就卓著。