孔府檔案是孔府留存下來的歷史資料，是研究孔府歷史的必備資料。它是中國規模最大的私家檔案，近一萬多卷，是孔府所藏的諸多文物瑰寶中最為重要的部分之一。檔案記錄起於明嘉靖元年（1522年），止於1948年，歷時四百餘年。孔府檔案內容豐富，以「天、地、玄、黃、宇、宙、洪、荒」八字編號，涵蓋孔氏家族、聖賢後裔、公府組織與職掌、廟戶佃戶及僕役、公府田產等方面的內容，對研究十六世紀以來中國政治、經濟、文化、軍事也有重要的參考價值。

孔子世家譜

孔子世家譜是記述孔氏家族世系的譜牒，是孔府檔案的重要組成部分。孔氏家族譜自宋朝元豐八年（1085年）始，由孔子第46代孫孔宗翰創修。此後六十年一大修，三十年一小修。凡男性孔氏族人不分地域、長幼均可入譜。宋代以後，孔氏支派繁多，孔子世家譜的規模愈大，但無論身居何處，只要續上家譜，天下孔姓便是一家人。孔子世家譜是世界上最悠久、最傳統、最完整的家譜。孔氏家族的輩份十分嚴格，取名字時必須嚴格遵守。

曲阜為孔子故里，孔子的後代在曲阜也最為集中。孔姓族人遍及曲阜的每一個村莊，以致有「無孔不成村」的說法。目前，曲阜的孔子後代有十五萬餘人，約佔當地總人口的四分之一。古代社會的孔門子弟多為仕人，族長衍聖公更為曲阜首長。歷史上也湧現出許多孔門名士，如戰國初期，孔子之孫孔伋是著名的思想家，孔子的思想就是由他傳給孟子的。西漢的孔安國、清代的孔尚任等皆是鼎鼎大名的學者。

祭孔大典

孔子重禮，因而也十分重視祭祀。儒家認為治理天下，最為要緊的是禮。禮有五個方面，卻都不如祭祀重要。孔子本人對祭祀的理解十分深刻，他說過「慎終追遠，民德歸厚矣」（《論語‧學而第一》）。這就是說人如能嚴肅操辦父母的喪事，以祭祀的方式追念遠代的先祖，那麼民性就可以歸於純厚。由此可見，孔子認為祭祀之禮可以加強人們的宗法觀念，起到維護秩序、安定社稷的作用。孔子主張「祭之以禮」，祭祀要按照規定的禮節進行，否則就是獻媚。在祭祀中，孔子強調應當敬，「祭如在，祭神如神在」（《論語‧八佾第三》），指出祭祀祖先時，就要像祖先真在那裏；祭祀神的時候，就像神真在那裏。

後人祭祀孔子，亦遵從孔子的教誨。祭孔，也叫「祀孔」。祭孔典禮很早就有，而且祭祀規格愈來愈高，次數愈來愈多。最初只祭孔子，後來增加了四配、十二哲、歷代先賢先儒從祀。祭孔可分為家祭、國祭兩種，國家祭孔是國家大典。隆重的祭孔大典由官員、禮生、樂舞生各百多人主持，孔府屬員、孔氏族人等也共同參與。供案上擺放各種禮器、供品，祭孔只有男子參加。祭孔時要在大成殿的露台上演習「大成樂」，舞時分初獻、亞獻、終獻，祭祀的具體方法、跪拜次數、各種程式都十分嚴格。現在每年的孔子文化節也表演祭孔樂舞。