活佛轉世制度是藏傳佛教的獨創，佛教中其他流派均無此制。藏傳佛教的活佛轉世制度，於十三世紀中葉由噶舉派中四大支派的噶瑪噶舉金邊黑帽派首創，其後逐漸為寧瑪、薩迦、格魯等教派普遍採用。活佛轉世制度實際上是西藏佛教各派寺院領袖的權利、地位、財產的繼承制度。

活佛制度的創立，擴大了活佛地位和影響，避免了寺院統治集團內部因爭奪統治權而造成分裂的危機。活佛轉世的發生、發展、延續及其崇高的政教地位，都是從元、明、清和民國歷代中央政府而來的，特別是達賴、班禪兩大活佛的名號，以及轉世的新一代繼位，都必須經清朝中央和民國政府冊封後才能生效。

認選靈童的傳統程序

認選活佛轉世靈童，歷經幾百年的演變，已形成一套傳統的習慣和制度。其具體的程序有：

1. 依據該活佛生前的遺囑和預言暗示將在某方向的某地轉世；
2. 根據徵兆尋訪；
3. 神諭。即根據護法神（僧侶擔任）所降神意，指示靈童誕生的方向；
4. 觀湖顯現的幻景來確定尋訪靈童所在的方位；
5. 秘密尋訪；
6. 遺物辨認；
7. 金瓶掣簽；
8. 批准繼位；
9. 繼位大典。

上述程序中的後三項，為中央政府甄選和確認轉世靈童的制度，是其中最重要的程序。

金瓶掣簽

由於活佛政治經濟地位崇高，因此如某一家出一活佛，其家族也隨之榮華富貴。藏傳佛教中活佛轉世制度形成之初，轉世靈童的尋訪和指認，是由寺廟高僧或有關寺廟的活佛和護法神拉穆吹忠所操持，容易產生舞弊情況。清乾隆皇帝看到這一弊端，在清軍入藏平定廓爾喀兵入侵後，於乾隆五十八年（1793年）頒佈《欽定西藏章程》（又名《藏內善後章程》、《二十九條章程》），第一條就是金瓶掣簽制度。規定對達賴、班禪及其他呼圖克圖（大活佛）等活佛轉世的認定，必須實行金瓶掣簽制度。

即凡遇到尋認靈童時，分別將所尋得的靈童的名字及出生年月，用滿、漢、藏三種文字寫在牙籤上，放進朝廷特製的金瓶中，由各呼圖克圖和駐藏大臣在大昭寺釋迦佛像前抽籤認定。如果找到的靈童僅只一名，亦須將一個有靈童名字的牙籤和一個沒有名字的牙籤共同放進瓶內，如果抽出沒有名字的牙籤，就不能認定已尋得的靈童，而要另外尋找。這一制度的創立，完善了藏傳佛教中的活佛轉世制度，加強了中央對西藏的管轄，是中央政府對西藏行使主權的一種體現。