紫禁城是明清時期的政治中心，乾清宮是清初順治、康熙皇帝的寢宮及處理日常政務的重要場所，引見大臣和接見外國使臣的地方。東、西暖閣則是皇帝召見官員和批閱奏章之所。但至雍正以後，皇帝日常活動的中心移到養心殿，使這殿堂地位升格不少。在歷史上亦引起一些疑團，例如：雍正為何遷住養心殿？軍機處在養心殿附近設立只求方便？養心殿「垂簾聽政」的事跡因何史書記載甚少？
疑問一：雍正為何遷住養心殿？
養心殿建於明代，起初它在紫禁城裏的等級和地位都不高。康熙年間，這裏是宮廷造辦處，負責製作各種御用器物。康熙帝死後，雍正帝在這裏守孝二十七個月，按祖制守孝期滿，雍正帝應該重回乾清宮居住。但雍正帝將養心殿重新修建，並將寢宮移到這裏，他給出的理由是：康熙帝在乾清宮生活了六十多年，自己如果住在那裏，會睹物思人，於心不忍……。從此，養心殿成了皇帝日常活動的重要場所。對雍正的這一理由，後世有不少存疑。
疑問二：軍機處在養心殿附近設立只求方便？
雍正年間，連年用兵西北，軍報及指令往返十分頻繁，須及時傳遞，並加強保守機密，而內閣辦事機構在紫禁城的東南角，離養心殿太遠。設想一下，皇帝看了密摺，讓太監去內閣傳召大臣，大臣跟着太監來養心殿，一般大臣在紫禁城內是不能坐轎、騎馬，這一來一回，估計至少要半個小時……。再加上內閣人多而雜，軍報先經內閣容易洩露機密。雍正七年（1729年），雍正帝特命在隆宗門內靠近養心殿的地方臨時設立軍機房，並以怡親王允祥、大學士張廷玉等自己親信且得力的王公大臣作為軍機大臣，在這裏輪流值班，專門負責辦理一切軍需事宜，同時也方便皇帝隨時召見他們。這樣一來，整個養心殿區域，儼然成為帝國權力的核心。
雍正十年（1732年）軍機房正式改稱「辦理軍機處」，但後來的奏章和詔令中多省略「辦理」二字，簡稱「軍機處」。軍機處初時不屬國家正式機構，是臨時辦事機構，軍機大臣沒有自己的衙門，只有這個「值班室」，所以室內布置比較簡單，只有一些必備的辦公用品和供大臣休息的設施。後來皇帝發現通過軍機處，可以集軍政權力於一身。在清嘉慶四年修《會典》時，軍機處正式列為國家機構。它的權力巨大，逐漸取代內閣的作用。因此，設立軍機處於養心殿附近，除了是方便皇帝處理政務，亦是君主集權的方法之一。直到清末宣統三年（1911年）四月「責任內閣」成立，秉政一百八十多年的軍機處才被廢除。
疑問三：「垂簾聽政」史書記載甚少？
與乾清宮差不多的是，養心殿正間是皇帝日常處理政務、引見大臣的地方。東、西暖閣是皇帝召見官員和批閱奏章之所。後殿則是皇帝的寢宮。後世最矚目的是養心殿於晚清時期的「垂簾聽政」，但史書對垂簾聽政的過程卻很少記載。據《清同治朝實錄》簡單記載的資料為：咸豐十一年十月初九日同治即位於太和殿，十月十六日由禮親王世鐸等奏《垂簾章程》，共十一條，都是講及垂簾聽政的禮儀。咸豐十一年十月初一日，垂簾聽政開始。大家要了解垂簾聽政的情形，僅能從一些大臣的日記中窺探一二。
關於「垂簾聽政」，《曾國藩日記》裏有一個很生動的記載：同治七年（1868年）十二月十四日，兩江總督曾國藩調任直隸總督時，曾前往養心殿覲見，這是曾國藩生平第一次見慈禧。曾國藩是一路走了四十天，十二月十三日才到北京，次日一早，寅正一刻（上午4時15分）起床吃飯，卯初二刻（上午5時30分）已入宮到了景運門，在朝房先後見了大臣李鴻藻、馮桂芬、文祥，恭親王奕訢等人，然後一同於巳正（上午10時）進養心殿。
曾國藩寫道：入養心殿之東間，皇上向西坐，皇太后在後黃幔之內；慈安太后在南，慈禧太后在北。余入門跪奏稱臣曾某恭請聖安，旋免冠叩頭，奏稱臣曾某叩謝天恩畢，起行數步跪於墊上。
慈禧太后問：「汝（你）在江南事都辦完了？」
對：「辦完了。」
問：「勇（兵）都撤完了？」
對：「都撤完了。」
問：「遣撤幾多勇？」
對：「撤的二萬人，留的尚有三萬。」
問：「何處人多？」
對：「安徽人多，湖南人也有些，不過數千；安徽人極多。」
問：「撤得安靜？」（遣散的兵勇沒鬧事吧？）
對：「安靜。」（沒鬧事）
問：「你一路來可安靜？」
對：「路上很安靜，先恐有游勇滋事，卻倒平安無事。」
問：「你出京多少年？」
對：「臣出京十七年了。」……
問：「你以前在京，直隸的事自然知道！」
對：「直隸的事臣也曉得些。」
問：「直隸甚是空虛，你須好好練兵！」
對：「臣的才力怕辦不好。」
旋叩頭退出。
兩人所談雖寥寥數語，看似平淡，卻暗藏玄機：剿滅了太平天國運動後，驍勇善戰的湘軍已是清廷最大的顧慮。所以，慈禧開門見山，直接問曾國藩裁撤湘軍是否順利。此外，還可以看到的是，當時已沒有凌晨五六時的早朝，議政的時間改為上午十時。曾國藩在這上午，估計被折騰得疲憊不堪了。
此後的十五及十六日，曾國藩又兩次入養心殿覲見慈禧，不過已經不會那麼早到了，都是上午七八時才入宮，等候至十時的召見。慈禧也詢問了諸如「你造了幾個輪船？」、「有洋匠否？」、「你這些年見得好將多否？」都是關於曾國藩造船練兵的事。
同治皇帝死後，慈禧繼續在這裏為光緒皇帝「垂簾聽政」，即使是光緒皇帝「親政」以後，慈禧仍然握有實際的權力，不過，那時大清王朝的權力核心已不在養心殿，而在慈禧居住的長春宮、寧壽宮、頤和園等處。
養心殿留給人們的最後一抹記憶，是宣統三年十二月廿五日（1912年2月12日），末代皇帝溥儀頒布《退位詔書》，宣告大清朝統治乃至中國帝制時代的終結。這份詔書，就是隆裕皇太后在這裏簽署的。
