清朝（1644—1911年）時，澳門葡萄牙人對清政府表示效忠，但清廷對葡人有戒心。順治四年（1647年），葡萄牙人得兩廣總督佟養甲代為奏請，恢復到廣州互市貿易，戶部議覆不准。康熙十八年（1679年），開放陸路貿易，但1685年又停止了，1685年實行開海貿易政策，宣佈開放江蘇的松江、浙江的寧波、福建的泉州和廣東的廣州為對外貿易港口，並分別設置江海關、浙海關、閩海關和粵海關，負責管理對外貿易事務。在澳門設立粵海關澳門總口，置關部行台和大碼頭、南環、娘媽閣、關閘四個稅館，負責徵收澳門的船鈔貨稅，後黃埔逐漸發展為廣州的外港。

清政府也有優待葡萄牙商船的政策，葡船所納船鈔只是其他國家的約四分之一，並特別允許葡萄牙自治機構的理事官，徵收進入澳門船舶百分之三至十的從價稅。葡萄牙人為壟斷承明代獨佔澳門對外貿易的傳統，違反粵海關的規定，禁止其他外國商船停泊澳門，不惜賄賂廣東官員，至使1715年後，葡萄牙以外的外國商船再不入澳門，而使用黃埔碇泊，至1724年終成定例。

自1842年中國近代第一個不平等條約《南京條約》簽訂後，澳門總督邊度曾赴香港，向清廷欽差大臣耆英遞交照會，要求讓葡萄牙擴大對澳門的管理權，又要求中國豁免葡人交納地租，把澳門北部自三巴門至關閘一帶撥由葡兵把守。這種損害中國管治權的要求，遭到耆英拒絕。

1845年，葡萄牙女王瑪利亞二世單方面宣佈澳門為「自由港」，並於翌年委派狂熱的殖民主義分子亞馬留出任澳門總督。亞馬留隨即在澳門推行一系列破壞中國主權和管治權的政策，包括驅逐中國守駐澳門的關部行台官員，封閉關部行台；對澳門居民強行徵收地租、人頭稅、不動產稅；擅自開闢從水坑尾至龍田村、關閘一帶的新通道。於是明清以來中國政府對澳門行之有效的管理權遭到嚴重破壞。

葡人相繼佔據氹仔、路環和澳門半島北部包括青洲，並向中國進一步提出領土要求。清政府指派奕劻、孫毓汶為全權大臣，葡萄牙代表為羅沙（Tomás de Sousa Rosa），於1887年（光緒十三年）12月1日，中葡在北京簽訂《中葡和好通商條約》，清廷承認「大西洋國永居管理澳門」，但「未經大清國首肯，則大西洋國永不得將澳門讓與他國」。這樣一來，澳門從葡萄牙人租佔地區轉變為葡萄牙的殖民地。

根據1887年《中葡和好通商條約》准葡國永居管理澳門，兩國派員妥為會訂界址，再行特立專約。這是澳門界址問題之由來。1908年日本官方誣指「二辰丸號」在葡方領海航行，清兵強行進入葡方水域緝拿商船，引發國人議論澳門界址，催化1909年中葡澳門勘界談判的出現。大清代表為欽差大臣高而謙，葡方代表為欽差大臣馬揸度（Joaquim José Machado），中葡雙方於7至11月在香港舉行九次的會勘澳門及其屬地界務會議，葡方馬揸度提出把青洲、氹仔、路環、大小橫琴等島列為澳門屬地，遭中方拒絶，雙方相持不下，談判停止，遂成懸案。

1928年12月頒佈第四十四號法規，「飭將氹仔路環統領部裁撤，改設島區政務廳」，根據此法規，海島市與澳門市正式分離。此法規主要規定：一、撤銷氹仔與路環的駐軍司令；二、設立海島市，其範圍包括氹仔和路環兩島，總部設在氹仔；三、賦予海島市行政長官民事方面及其他由法律規定的職權。