早在六千多年前，南京市区就已有新石器时代的原始村落，聚居着南京的初民。春秋时，南京先后被吴、越两国统治，越国大臣范蠡曾在这里建「越城」。战国时，楚国占领南京，在石头山上修筑城池，设金陵邑（自此南京又被称为「金陵」）。秦代时改称秣陵县。

三国时代，吴国君主孙权在南京定都，南京从秦、汉时的一个县，一跃成为吴国帝都。其后东晋和南朝的宋、齐、梁、陈均先后在此定都，南京开始以「六代豪华」而著称于世。而南京城之所以能迅速崛起，与其优越的地理条件，以及当时中国的经济重心南迁有莫大关系。

南京城周围，众山环绕，易守难攻，其中尤以东边的钟山、西边的石头山最为险要。而众山之间的开阔台地，也十分适宜于营建大规模的城池。相传诸葛亮曾对南京的地理条件大加赞赏，并说：「钟山龙蟠，石头虎踞，此乃帝王之宅也。」意思是指南京东有钟山，像一条龙那样盘绕着；而西有石头山，像一头老虎那样蹲踞着。两山守护下的南京，最适合成为一国之都。

南京城的西北紧贴长江，居高临下，形势险要。长江天险，不仅为南京城提供了一道防卫北方军事威胁的天然屏障，也使南京城拥有了控制长江中、下游的战略地位。从南京顺江而下，可以直接控制长江三角洲地区；从南京溯江而上，也可以对长江中游地区产生影响。

自从东汉末年以来，中原战乱连年。加上西晋后匈奴等北方胡族一浪高过一浪的持续入侵，造成了大量中原人口不断向江南地区迁徙。持续多年的移民浪潮，为南京等江南地区提供了大量的劳动力和先进的生产技术。这对江南的土地开发和生产发展有极大帮助，最终令江南超越了中原，成为中国的经济重心。所以说南京的崛起，正是以经济重心南移为基础的。