崇禎三年（1630年），兵部尚書、薊遼督師袁崇煥，慘遭磔刑（凌遲），含冤而死。袁崇煥為國殺敵，屢建奇功，連清朝人編纂的《明史》也承認：「我大清舉兵，所向無不摧破，諸將罔敢議戰守，議戰守自崇煥始。」努爾哈赤自從25歲起兵以來，號稱戰無不勝，但在寧遠城下被袁崇煥擊敗，負傷而回，不久就在瀋陽病死。這樣功勳卓著的良將，為何會被皇帝冤殺呢？

復出守遼

明思宗登基之初，一舉誅滅魏忠賢集團，十分希望振興大明朝，他接受暫攝兵部事的呂純如建議，讓袁崇煥復出，支撐遼東局面。袁崇煥赴任陛見，思宗詢以平遼方略，讓其「具實奏來」。袁回答皇上說：「所有方略，已具疏中。臣今受皇上特達之知，願假以便宜，計五年而建州可平、全遼可復矣。」因此思宗便認定這是袁深思熟慮後擬出的計劃，當即許諾如大功告成，就封他為侯。

趁皇帝暫退便殿稍事休息之機，給事中許譽卿當面向袁崇煥請教他的「五年方略」。袁的回答讓他大吃一驚：「聊慰上心。」許當即指出：「上英明，安可漫對，異日按期責效，奈何？」袁聽後才曉得自己失言了。當召對繼續時，袁立即設法補救。他一面替自己留下後路，暗示建州問題由來已久，一面提出一系列條件，要求「事事應手」，舉凡供應錢糧武器，人事任用，乃至不能以朝中意見紛然而干擾平遼方略等，都請皇帝大力支持。

袁崇煥陳述之時，思宗站着垂聽良久。袁辭行時向皇帝表示「以臣之力，制全遼有餘，調眾口不足」，盼望朝中不要掣肘。思宗滿口答應，最後又賜其尚方寶劍，還應袁崇煥所請，將寧遠、錦州合為一鎮，命祖大壽、趙率教、何可剛等人專受節制，以期克復全遼。

崇禎二年（1629年）五月，明廷敍功，加袁崇煥太子少保。袁崇煥任薊遼督師後，在沒有請示皇帝的情況下，誅殺了官拜一品的東江鎮總兵官毛文龍。袁崇煥身上有思宗賜予的尚方寶劍，但毛文龍身上也有一口先帝熹宗所賜的尚方寶劍，且毛文龍雖然驕橫跋扈，但罪不至死。思宗聞訊大驚，對袁崇煥的印象大打折扣。但當時正倚重袁對付滿洲，思宗只得優旨褒答，認定他殺得好，並下詔宣諭毛文龍罪狀。

保衞京師

毛文龍被殺後，蒙古和朝鮮都歸降了後金，現在可以阻擋後金騎兵的只有駐守在山海關、錦州、寧遠一帶，由袁崇煥統領的鐵甲了。三個月後，後金天聰汗皇太極，親率八旗大軍和蒙古騎兵，繞過袁崇煥的防區，即山海關、寧遠、錦州防線，通過蒙古，突襲明長城薊鎮防區的脆弱隘口龍井關和大安口，破牆入塞，再自喜峰口直下遵化，兵臨北京。北京在天子腳下，無論是貴族還是平民，都過慣太平日子，他們紛紛埋怨袁崇煥，說他坐視京師危急而不救。

此舉令袁措手不及，但無論如何，保衞京師是當前急務，他在沒有接到朝廷命令的情況下，就帶兵入關勤王，並在北京廣渠門和左安門兩戰擊退後金軍。袁本應在北京東部通州一帶抗擊後金的大軍，以解京城之困，但他卻直接把部隊帶到北京外城廣渠門下，擺開了和來犯之敵決戰的架勢。這是一大失策，等於在北京城牆下面燃起戰火，令京城的貴族和百姓對袁崇煥更加不滿。於是，流言四起，說袁督師早有異心，和後金有密約，勾引敵兵入關。

兩戰過後，皇太極的八旗大軍並未撤退，等待時機再度進攻。袁崇煥也在休整兵馬，準備再戰。見城外敵軍的攻勢稍緩，思宗在平台召見了袁崇煥和滿桂兩位大帥及他們的部下祖大壽、黑雲龍等人。思宗對各位將帥慰勉有加，還讓滿桂脫掉上衣，察看其身上的創傷。袁反覆申明自己的部隊連日行軍作戰，疲憊不堪，要求允許進城休整。思宗卻不同意，反而敦促袁努力殺敵，起碼要將敵人趕到離京城遠一點的地方。袁對此只是含糊其辭，不做明確保證。

這次召對令思宗極為不悅，勾起了對袁的種種不滿和懷疑。自己對袁信任有加，授予大權，甚至容忍他擅殺大將，就是要他保障東北的安全，進而恢復全遼，徹底根絕邊患。但此時後金的兵馬不僅未被阻遏，反而侵入京畿地區，而且袁勤王救駕姍姍來遲，來了之後又徘徊不前，一味強調自己兵困馬乏，不願與敵人激戰。加上京中傳言，更增加思宗對袁的猜忌和不滿，給敵人實施反間計可乘之機。

皇太極此時抓住機會，離間明朝君臣。他將袁崇煥與後金早有密約攻取北京的謠言，假意散播給俘虜在軍中的兩位明朝太監楊春和王成德，再故意放走他們。兩人回到紫禁城，將竊聽到的密談內容向思宗報告。思宗決定在平台召見袁崇煥「議餉」。隆冬時節，千里冰封，袁率領的將士露宿城外，缺乏糧草。此時聽到皇帝要議軍餉，袁自然十分高興。但袁到了平台後，思宗並沒有同他議軍餉，而是當即下令將他逮捕下獄。朝廷多位大臣或欲為毛文龍報仇，或與袁有私隙，在這種情況下，袁崇煥自然在劫難逃。

含冤慘死

崇禎三年（1630年）八月，思宗召見諸臣，宣布袁崇煥的罪狀：「崇煥擅殺逞私，謀款致敵，欺藐君父，失誤封疆」，命刑部公開執行磔刑，依律家屬16歲以上處斬，15歲以下給功臣家為奴，今從寬只將其妻妾子女及同胞兄弟流放兩千里外，其餘釋放不再追究。

袁受刑時，被劊子手將身上的肉，一寸一寸地片割，鮮血淋漓，慘不忍睹。據明人張岱的《石匱書後集》記載， 袁崇煥身上的肉每割下一片，京城百姓就從劊子手的手中搶去生吞，還喝着燒酒生吃其腸，即使血流滿了牙齒和腮頰，仍罵不絕口。撿到骨頭的人，用刀斧把它砸碎，到最後骨肉都沒有了，只剩下一具頭顱，拿到邊疆前線九鎮去輪流傳視。

為甚麼百姓如此痛恨袁崇煥？因為朝廷已將他宣傳成叛國通敵，引敵入關的奸臣，京師百姓對此深信不疑。同時，後金軍隊雖然撤了，他們卻在北京城外燒殺搶掠，令不少百姓流離失所，家破人亡。與此同時，北京城內很多百姓都被臨時抓去當壯丁，最終在北京保衞戰中戰死。可以說，當時的北京城群情激憤，民怨滔天，袁自然就成為他們泄憤的對象，可憐一代忠臣良將，死後屍骨無存。袁崇煥臨刑時，還留下一首《臨刑口占》：

一生事業總成空，半世功名在夢中。

死後不愁無勇將，忠魂依舊守遼東。

思宗磔死了袁崇煥，可謂自毀長城，誠如《明史》中「自崇煥死，邊事益無人，明亡徵決矣」。袁崇煥之死，可謂千古奇冤。諷刺的是為袁崇煥平反的，不是他誓死效忠的明朝，而是其頭號敵人清朝。在袁崇煥死後152年，乾隆皇帝為他平反。《清高宗實錄》記載乾隆言：「昨披閱《明史》，袁崇煥督師薊遼，雖與我朝為難，但尚能忠於所事，彼時主暗政昏，不能罄其忱悃（真心誠意），以致身罹重闢（極刑），深可憫惻。」之後乾隆命廣東巡撫尚安查訪袁崇煥的後代，尚安回奏，袁崇煥沒有後代，只好從他本家後裔裏找一個孩子來接續袁崇煥的香火。此後，才有人公開祭奠袁崇煥，令其終於洗雪了賣國賊的污名。