萬曆十年（1582年），太師兼太子太師、吏部尚書、中極殿大學士張居正病逝。死訊傳來，神宗為其停朝一日，並給其極高的禮遇，諡文忠，贈上柱國銜，賜治喪銀，並遣官護喪歸葬。然而不久，他就遭到明神宗的殘酷清算。神宗指斥他「罔上負恩，謀國不忠」，下旨削奪他的一切官銜，此後又將其抄家，甚至險些開棺鞭屍。這究竟是怎麼回事呢？

張居正之所以下場如此悲慘，有些禍根是他生前種下的。神宗在掌握政權後，為樹立自己的絕對權威，運用非常手段，清除張的勢力與影響。同時，這也是他對張長期懷恨在心的一次總爆發。

權高震主

神宗生母李太后教子甚嚴，神宗登基後，她就住在兒子的寢宮乾清宮。縱然是隆冬時節，她也命宮女把神宗從被窩裏拉出來，督促其學習。神宗犯錯，動輒罰其下跪。太后對張居正極為信任，讓他當皇帝的老師，鼓勵他嚴格管教神宗，甚至拿先生嚇唬神宗：「使張先生聞，奈何！」張居正也慨然以嚴師自居。有一次神宗讀《論語》時，將「色勃如也」的「勃」字讀成「背」字，張居正厲聲喝道：「當作勃字！」嚇得神宗大驚失色，在場侍讀的眾官也驚惶失措。

李太后還十分倚重司禮監掌印太監馮保，讓他監護神宗。李太后要他萬分當心，引導皇帝行正道，不要盲從皇帝，以免皇帝做出有違道德的事情。馮保對神宗約束甚嚴，往往將神宗的過失報告太后。神宗像對張居正一樣敬畏馮保，每當他和小太監遊戲，看到馮保進來，馬上正襟危坐，說：「大伴（對馮保的尊稱）來矣」。

萬曆七年（1579年），神宗在一次夜宴上因醉酒差點要斬殺兩位宮女，馮保向皇太后報告此事。皇太后大怒，要神宗罰跪三個時辰（六個小時），甚至還說要廢黜神宗，讓其弟潞王做皇帝，神宗嚇得伏地痛哭不止。另外，太后讓張居正代神宗寫了一份罪己詔，規勸皇帝。此事讓神宗顏面盡失，從此在他心裏已經種下了對馮保和張居正怨恨的種子。

隨着神宗長大成人，他必定想要衝破張居正為其設定的藩籬。萬曆八年（1580年）三月，張居正向神宗請求退休，神宗也想早日親掌政權，打算批准。若能如此，君臣情分應可善始善終，但皇太后不同意張居正的請求，她對兒子說：「與張先生說，各項典禮雖是修舉（處理得當），內外一切政務，爾尚未能裁決，邊事尤為緊要。張先生受先帝付託，豈忍言去？待輔爾到三十歲，那時再作商量。先生今後再不必興此念。」在太后眼裏，神宗儼如無知孩童，張居正一日尚在，他一日不能親掌政務。張居正的權勢和約束已使他深深怨恨。皇太后和張居正的威嚴，或已對神宗的心理產生負面影響。

驕橫剛愎

張居正遭到神宗清算還有另一個重要原因，在於他本人有着嚴重的性格缺陷。他太過自負，甚至專制。曾經有人當面奉承張居正的相業，他傲然地說：「我非相，乃攝也」。「相」是宰相輔佐帝王，「攝」就是行攝政之實。這是極為自負的自我評價。張居正位極人臣，自然不乏巴結他的人。曾有人送他一副金子做的對聯，上面寫道：「日月並明，萬國仰大明天子；丘山為岳，四方頌太岳相公。」張居正號太岳，這副對聯竟將太岳相公與大明天子相提並論，他卻安然收下，難免有僭妄之嫌。

張居正身為內閣首輔，應該有海納百川的氣度，嚴於律己的品格，但他不是這種人。萬曆五年（1577年）張父去世，按官制張居正應守孝三年，但他在神宗的支持下提出奪情。奪情的意思是為國家奪去了孝親之情，可不必去職，而是戴孝辦公。張居正此舉遭到輿論猛烈攻擊，一眾官員相繼上疏批評他奪情之舉。結果這些官員皆遭廷杖或貶謫，最終，反對意見被強力壓制，而張居正也因樹敵過多，落得貪權不孝的罵名。此後他行事日益偏執，以一己愛憎任用官員，支持改革的受到重用，非議改革的一概摒棄不用。萬曆七年（1579年），他為壓制反對改革的聲音，盡毀天下書院。如此一來，知識分子中還有誰會支持他呢？

張居正時刻教育小皇帝要尚節儉、慎起居。萬曆元年春節，是神宗即位後的第一個春節。民間張燈結綵，擺酒設宴，而宮中的御膳桌上，只是在平時的飯菜外，加了幾道水果而已。這是太后和皇帝接受張居正的建議才這樣做的。這個春節，神宗母子節省了七百餘兩白銀酒飯錢，此後連續幾年都是如此。當張居正死後，神宗才發現他一直尊敬的老師竟然言行不一。張居正要別人厲行節儉，自己的生活卻豪華奢侈，不但京城的張府豪華壯麗，其家鄉江陵還有一座同樣的府邸。他回家奔喪坐的轎子，需要三十餘人才能抬動，轎內寬大到可以起居飲食，還可以容下兩個僕人伺候。至於慎起居更談不上，張居正本人生活糜爛，愛姬美妾成群。神宗認為自己一向奉為楷模的張先生欺騙了他。

萬曆十年（1582年），張居正病逝，馮保頓失外援，勢力大減，神宗清算他們的時候到了。是年十二月，江西道御史李植上疏彈劾馮保十二大罪狀，神宗覽奏之後大喜說：「吾待此疏久矣！」他隨即查抄馮保家產，並將其發配南京孝陵種菜。馮保平素亦好貪，故神宗查抄馮保家時大有所獲，這又使得神宗將目光投向張居正的萬貫家產。萬曆十二年（1584年）四月，神宗下令查抄張居正的家產。家中老弱婦孺被關在府中，甚至數人活活餓死，令人觸目驚心。張居正長子張敬修在嚴刑拷打之下，不堪忍受，自縊而死。其他的兒子也難逃被發配充軍的厄運。

清算張居正，讓神宗感到復仇的快感，但他始料不及的是，大明國運卻由此江河日下。有人認為明朝之亡，實始於萬曆朝。張居正雖有不少缺點，但他確是竭忠盡智，中興大明的功臣。張尚且落得如此下場，誰還敢實心為朝廷辦事呢？直至熹宗時，才有大臣為張居正逐步平反昭雪，但此時大明王朝已走向滅亡之路了。