皇祐二年（1050年），包拯升任天章饋待制，擔任了諫官的職務。一上任，包拯就以唐代著名諫官魏徵為師，精心選定魏徵的三篇奏議，用蠅頭小楷抄寫了一遍，呈奏宋仁宗，希望皇帝能夠從中吸取經驗教訓。包拯在做諫官時，對朝政發表許多意見，讓皇帝在許多重大的決策中避免嚴重失誤。他對於自己的這一段經歷曾做過十六字的總結：「披肝瀝膽，冒犯威嚴，不知忌諱，不避怨仇。」

反對「覃恩」

皇祐二年九月，大澇之後天氣放晴，仁宗皇帝認定這是吉兆，除了在京城舉行祭祀天地的盛大慶祝外，還下詔大赦天下罪犯，給所有文武百官每人晉陞一級。這就是所謂「覃恩」。包拯對此提出異議，對仁宗說，罪犯服刑，那是對他們以往犯下的罪行所給予的懲罰，怎麼可以因為洪水退去而減輕對他們的懲罰呢？至於官員晉陞，更是要考核他們的政績。假如這樣馬馬虎虎地隨便陞遷，對那些確有政績的官員不是太不公平了嗎？這樣的話，以後誰還會勤勉地為朝廷出力呢？

三彈張堯佐

張堯佐是宋仁宗寵妃張美人的伯父，沒有甚麼才幹，卻憑借張美人的關係，官運亨通。最初，張堯佐被委任為「三司使」。包拯極力反對，向皇帝諫議說，像張堯佐這樣的人，就連小官也沒有資格做，更不用說「三司使」這樣顯赫的大官了。但是，仁宗不但不理會他的諫議，反而又加封張堯佐為節度使。包拯非常痛心，繼續上諫，堅持怒責張堯佐，可是仁宗仍然置若罔聞，到了第二年，更加封張堯佐出任宣徽南院使。包拯第三次向皇帝進諫，痛加陳詞，甚至在朝廷上跟皇帝當面辯論起來，終於迫使皇帝罷了張堯佐的官。

參倒張方平

「三司使」張方平利用自己手中的權力，假公濟私。有一次，東京城一個名叫劉保衡的商人，開了一間酒坊，經營不善，欠下官府的小麥，折合現錢一百多萬貫，他一時拿不出，張方平下令劉保衡變賣家產抵償欠債，同時，又趁人之危，用極低的價格買下了劉保衡的家產。包拯獲悉之後，大為震怒，認為張方平作為朝廷命官，卻利用職權，巧取豪奪，罪不容恕，於是上書皇帝，參了張方平一本。張方平因此被罷了官。

抨擊宋祁

宋祁是名詩人，但是文人無行。他在四川當官時，生活奢糜。每頓飯，必須不少於三十六味菜，其中有十二味葷菜，十二味素菜和十二味半葷半素的菜。他還養着三十二名侍女，分別為他搖扇、捶背、敲腳。在他下榻的床邊，每夜都有一名丫環通宵守候，照顧他的隨時需要。宋祁又十分好色，稍有姿色的良家少女一旦被他看上，他必定千方百計地將她納為小妾。他道德敗壞，醜聞很多，卻屢屢受到朝廷的重用。包拯對此非常不滿，多次向皇帝上書，對宋祁的醜行大加抨擊，終於罷了宋祁的官。