流傳於新疆各地的維吾爾木卡姆多元一體，既有共性，又有不同地方的差異性，形成了不同的樣式。根據流傳地不同和形態的差異，可分為《十二木卡姆》、《刀郎木卡姆》、《吐魯番木卡姆》和《哈密木卡姆》四個地方版本。

《十二木卡姆》  

《十二木卡姆》是維吾爾木卡姆的主要代表，流傳於新疆南部的喀什、和田、阿克蘇地區和新疆北部的伊犁地區，是集歌、舞、樂於一體的大型綜合藝術形式，由拉克、且比巴亞特、木夏吾萊克、恰哈爾尕等12個大型套曲所組成，每套都包括「瓊乃額曼」（系列敍詠歌曲、器樂曲、歌舞曲）、「達斯坦」（系列敍事歌曲、器樂曲）、「麥西熱甫」（系列歌舞曲）三部分。12套共含歌樂曲三百餘首，全部演唱演奏需要二十多個小時。各地區流傳的《十二木卡姆》版本，各有不同。

《十二木卡姆》每套的第一部分「瓊乃額曼」，着重闡明維吾爾人的哲學思想和精神層面的追求，過去主要供上層社會和知識階層享用。第二部分「達斯坦」中，各首樂曲的唱詞，多為流傳在維吾爾族民間的敍事長詩的片段，一般由「達斯坦其」（意為「善唱達斯坦者」）在茶館、飯館、理髮館等公眾場合、家庭聚會和以中老年為主的聚會上演唱。第三部分「麥西熱甫」，主要在各種群眾聚會上由「乃額曼其」（意為「民間歌樂手」）傳唱，供群眾隨着樂聲起舞自娛，或由被稱作「阿希克」（意為「癡迷於真主者」）的民間藝人在街頭巷尾單獨或結伴吟唱行乞，內容包括對伊斯蘭教信奉的真主的讚頌、祈求，以及對人生苦難的哀嘆、對幸福生活的企盼。

《刀郎木卡姆》  

「刀郎」，也被譯作「多朗、多蘭、都蘭、道南」等，主要流傳在「刀郎地區」，即塔里木盆地西、北緣的葉爾羌河至塔里木河兩岸，以喀什地區的麥蓋提縣、巴楚縣和阿克蘇地區的阿瓦提縣為中心。每部《刀郎木卡姆》的長度約為六到九分鐘，9套總長度約一個半小時。《刀郎木卡姆》的唱詞全都是在刀郎地區廣為流傳的維吾爾民謠，充分表達了刀郎維吾爾人的喜、怒、哀、樂，同時反映出維吾爾族社會生活的各個方面，內容豐富多彩，曲調高亢粗獷，感情純樸真摯。《刀郎木卡姆》的主要伴奏樂器為拉弦樂器刀郎艾捷克、撥弦樂器卡龍、刀郎熱瓦甫，以多面達普擊節相伴，上述拉弦、撥弦樂器在伴奏中，經常不作跟腔，而奏出各種各樣的枝生複調或節奏型，從而與聲樂形成複雜的多聲部效果。

《吐魯番木卡姆》     

《吐魯番木卡姆》主要流傳在新疆吐魯番地區的吐魯番市、鄯善縣和托克遜縣。經過初步的比較，《吐魯番木卡姆》是各種地方木卡姆中最接近《十二木卡姆》的一種，兩者間有過長期、頻繁的互相影響，甚至可能有着「同源」的關係。吐魯番地區兩縣一市流傳的《吐魯番木卡姆》，版本大同小異，現能搜集到《拉克木卡姆》、《且比亞特木卡姆》、《木夏吾萊克木卡姆》、《恰爾尕木卡姆》等共11套。每套《吐魯番木卡姆》由「木凱迪滿」、「且克特」、「巴西且克特」、「亞郎且克特」、「朱拉」、「賽乃姆」、「賽勒克」及「尾聲」等8部分組成。11套《吐魯番木卡姆》共含66首樂曲，全部演唱約需十小時。除絲竹相和歌唱之外，還採用鼓吹樂表演的形式，即由一或數支蘇乃依演奏旋律，三對納格拉（鐵鼓）和一支冬巴克（低音鐵鼓）擊節。

《哈密木卡姆》  

《哈密木卡姆》主要流傳在新疆哈密地區的哈密市和伊吾縣，是一種歷史悠久、篇幅宏大、結構完整的大型維吾爾音樂套曲，共有「瓊都爾木卡姆」、「烏魯克都爾木卡姆」等12套，其中7套包括兩個樂章（即兩套曲目），共有258首曲目、數千行歌詞，全部演唱的時間為十小時左右。《哈密木卡姆》在其形成和發展過程中，在西域「伊州樂」的基礎上，不同程度地吸收了來自中原、中亞及西亞的音樂藝術營養，在歌詞、風格、結構等方面體現了文化多元性的特點。《哈密木卡姆》在歷史上經過了從民間到王宮，最後又回到民間的流傳整合過程，經由民間藝人的不斷演唱和整理規範，形成了結構完整的套曲形態。《哈密木卡姆》的命名方式保持了維吾爾族的傳統，每套木卡姆的名稱一直到現在都保留着維吾爾族的名稱，如「烏魯克都爾木卡姆」、「嗨嗨喲蘭木卡姆」、「加尼凱姆木卡姆」等，在新疆各地木卡姆中顯得十分獨特。