流传于新疆各地的维吾尔木卡姆多元一体，既有共性，又有不同地方的差异性，形成了不同的样式。根据流传地不同和形态的差异，可分为《十二木卡姆》、《刀郎木卡姆》、《吐鲁番木卡姆》和《哈密木卡姆》四个地方版本。

《十二木卡姆》

《十二木卡姆》是维吾尔木卡姆的主要代表，流传于新疆南部的喀什、和田、阿克苏地区和新疆北部的伊犁地区，是集歌、舞、乐于一体的大型综合艺术形式，由拉克、且比巴亚特、木夏吾莱克、恰哈尔尕等12个大型套曲所组成，每套都包括“琼乃额曼”（系列叙咏歌曲、器乐曲、歌舞曲）、“达斯坦”（系列叙事歌曲、器乐曲）、“麦西热甫”（系列歌舞曲）三部分。12套共含歌乐曲三百余首，全部演唱演奏需要二十多个小时。各地区流传的《十二木卡姆》版本，各有不同。

《十二木卡姆》每套的第一部分“琼乃额曼”，着重阐明维吾尔人的哲学思想和精神层面的追求，过去主要供上层社会和知识阶层享用。第二部分“达斯坦”中，各首乐曲的唱词，多为流传在维吾尔族民间的叙事长诗的片段，一般由“达斯坦其”（意为“善唱达斯坦者”）在茶馆、饭馆、理发馆等公众场合、家庭聚会和以中老年为主的聚会上演唱。第三部分“麦西热甫”，主要在各种群众聚会上由“乃额曼其”（意为“民间歌乐手”）传唱，供群众随着乐声起舞自娱，或由被称作“阿希克”（意为“痴迷于真主者”）的民间艺人在街头巷尾单独或结伴吟唱行乞，内容包括对伊斯兰教信奉的真主的赞颂、祈求，以及对人生苦难的哀叹、对幸福生活的企盼。

《刀郎木卡姆》

“刀郎”，也被译作“多朗、多兰、都兰、道南”等，主要流传在“刀郎地区”，即塔里木盆地西、北缘的叶尔羌河至塔里木河两岸，以喀什地区的麦盖提县、巴楚县和阿克苏地区的阿瓦提县为中心。每部《刀郎木卡姆》的长度约为六到九分钟，9套总长度约一个半小时。《刀郎木卡姆》的唱词全都是在刀郎地区广为流传的维吾尔民谣，充分表达了刀郎维吾尔人的喜、怒、哀、乐，同时反映出维吾尔族社会生活的各个方面，内容丰富多彩，曲调高亢粗犷，感情纯朴真挚。《刀郎木卡姆》的主要伴奏乐器为拉弦乐器刀郎艾捷克、拨弦乐器卡龙、刀郎热瓦甫，以多面达普击节相伴，上述拉弦、拨弦乐器在伴奏中，经常不作跟腔，而奏出各种各样的枝生复调或节奏型，从而与声乐形成复杂的多声部效果。

《吐鲁番木卡姆》

《吐鲁番木卡姆》主要流传在新疆吐鲁番地区的吐鲁番市、鄯善县和托克逊县。经过初步的比较，《吐鲁番木卡姆》是各种地方木卡姆中最接近《十二木卡姆》的一种，两者间有过长期、频繁的互相影响，甚至可能有着“同源”的关系。吐鲁番地区两县一市流传的《吐鲁番木卡姆》，版本大同小异，现能搜集到《拉克木卡姆》、《且比亚特木卡姆》、《木夏吾莱克木卡姆》、《恰尔尕木卡姆》等共11套。每套《吐鲁番木卡姆》由“木凯迪满”、“且克特”、“巴西且克特”、“亚郎且克特”、“朱拉”、“赛乃姆”、“赛勒克”及“尾声”等8部分组成。11套《吐鲁番木卡姆》共含66首乐曲，全部演唱约需十小时。除丝竹相和歌唱之外，还采用鼓吹乐表演的形式，即由一或数支苏乃依演奏旋律，三对纳格拉（铁鼓）和一支冬巴克（低音铁鼓）击节。

《哈密木卡姆》

《哈密木卡姆》主要流传在新疆哈密地区的哈密市和伊吾县，是一种历史悠久、篇幅宏大、结构完整的大型维吾尔音乐套曲，共有“琼都尔木卡姆”、“乌鲁克都尔木卡姆”等12套，其中7套包括两个乐章（即两套曲目），共有258首曲目、数千行歌词，全部演唱的时间为十小时左右。《哈密木卡姆》在其形成和发展过程中，在西域“伊州乐”的基础上，不同程度地吸收了来自中原、中亚及西亚的音乐艺术营养，在歌词、风格、结构等方面体现了文化多元性的特点。《哈密木卡姆》在历史上经过了从民间到王宫，最后又回到民间的流传整合过程，经由民间艺人的不断演唱和整理规范，形成了结构完整的套曲形态。《哈密木卡姆》的命名方式保持了维吾尔族的传统，每套木卡姆的名称一直到现在都保留着维吾尔族的名称，如“乌鲁克都尔木卡姆”、“嗨嗨哟兰木卡姆”、“加尼凯姆木卡姆”等，在新疆各地木卡姆中显得十分独特。