黑沙遺址是澳門最早開展考古發掘的地點。1972年，香港考古學會在路環的黑沙、竹灣、九澳、路環市區等地進行考古調查，其中在現今黑沙公園發現豐富的文物。其後，黑沙遺址在1973、1977、1985、1995及2006年進行多次考古發掘，其中出土多件新石器時代的石器及陶片。這些出土文物不但證明路環在距今6000至7000年前已有人類活動，也說明他們與珠江三角洲地區的文化有密切聯繫。

1995年，香港中文大學與澳門大學的考古人員在黑沙遺址發現一處玉石作坊遺跡，出土包括環玦飾物、石孔芯、石坯原料等，以及加工用的工具，如環砥石和石錘等，為研究華南地區史前玉器工藝技術提供寶貴資料。

歐維士在1513年（正德八年）抵達中國後，葡萄牙國王曼紐一世（Manuel I）計劃派遣使團與中國建立外交和貿易關係。在葡印總督阿爾伯加瑞亞（Lopo Soares de Albergaria）的安排下，道咩啤利士（Tomé Pires）以使節的身份前往中國，他原為葡萄牙王室的宮廷藥劑師，其後被派往亞洲擔任代理商（Feitor），而他也編寫描述亞洲的著作《東方志》（Suma Oriental）。

葡萄牙使團在1517（正德十二年）年抵達中國，尋求向明朝入貢但被拒絕。在翻譯火者亞三賄賂廣東的宦官之下，葡萄牙人以馬六甲使節的身份再次申請入京（葡萄牙人在1512年佔據馬六甲，而馬六甲是明朝的朝貢國），1520年（正德十五年）允許朝見。然而，當正德皇帝在1521年（正德十六年）病逝後，火者亞三因勾結江彬而被處決，加上假扮馬六甲使節被揭發，葡萄牙使團被繼任的嘉靖皇帝押回廣州囚禁，下落不明。

在道咩啤利士被囚禁的同時，廣東海道副使汪鋐也驅逐在Tamão島的葡萄牙船隊，葡萄牙船隻在多日的圍攻下最終逃回馬六甲。1522年（嘉靖元年），葡萄牙貴族別都盧（Martim Afonso de Melo Coutinho）的船隊試圖向明朝尋求議和，但汪鋐率領新會廣海衛水師在西子灣擊退之。在外交和軍事上挫敗後，葡萄牙人開始於中國沿海走私。

儘管明朝嚴禁葡萄牙人入華貿易，但中國在朝廷的海禁之下，民間對舶來品的需求有增無減。另一方面，明朝與日本之間的貿易因1523年（嘉靖二年）的「寧波之亂」而中斷，導致閩浙沿海出現大批走私集團。這批走私商人成為葡萄牙人在中國的貿易對象，並且在寧波附近的雙嶼島（Liampó）上建立據點。

飛能便度（Fernão Mendes Pinto）在《遠遊記》（Pilgrimage）提及雙嶼港的盛境：「當時那裡（雙嶼港）還有3000多人，其中1200為葡萄牙人，餘為其他各國人……這裡有300人同葡萄牙婦女或混血女人結婚。有兩所醫院、一座仁慈堂，它們每年的費用高達30,000克魯扎多（Cruzeiro）。市議會的歲入為6,000克魯扎多。一般通行說法是，雙嶼比印度任何一個葡萄牙人的居留地都更為壯觀富裕。在整個亞洲，其規模也是最大的。」

雖然飛能便度的記錄過於誇大，但雙嶼港確實成為重要的走私據點，也由於這裡過於「繁華」，浙江巡撫朱紈在1548年（嘉靖二十七年）清剿且封鎖雙嶼港。葡萄牙人其後逃回廣東的上川島及浪白澳走私，直到澳門開埠為止。