医方整理研究一直是中国医学发展的一个重要领域。两晋南北朝时期，中国医方著作积累多达18种300多卷，陈延之在其基础上，取精去粗，撰《经方小品》10卷，成为中国与日本医学教育必须学习的教材达数百年之久。该书对孙思邈、王焘、日人丹波康赖等名家，颇多影响。

华佗因遭曹操杀害，致令中国外科之发展受到严重影响，仅在《晋书‧魏书》尚存有唇裂手术修补之描述，对术前要求、手术要领、术后护理、效果等均达到了当代之先进水平，该术在后世得到不断改进，但华佗的手术则完全失传了。《刘涓子鬼遗方》约成书于南北朝刘宋时期，是一部随军外科手册，所论化脓性感染诸病症在理论与技术上，均达到了先进水平。

中药的炮制有着增效、减毒与防腐的作用，为历代医药学家所重视。南朝宋时药学家雷斆，集前人对药物三百多种的净选、粉碎、干燥以及水制、火制、水火共制的蒸、煮、炒、焙、炙、炮、浸等十多种制法，被后人尊为雷公，所著也被名为《雷公炮炙论》，成为中药炮制的祖师爷。

中国医学教育制度在隋唐前，师徒传授，子承父业为主体。扁鹊、华佗、张仲景无不出自师徒传授而成名家。晋、隋年间徐氏家族连续八代以医术著名，既以家传子承父业，又时有新经验之积累，对各科医疗特别是妇儿、针灸尤为所长；虽然多服务于统治阶层，也注重市民大众，特别是历代的著作《徐王八代家传效验方》等共积累数十种验方，流传甚广，影响深远。

中国医疗保健历来十分重视却病健体与讲究卫生，此时期在战国时代《玉佩铭》与医疗体育《导引图》的基础上，逐渐发展并普及。甘肃敦煌莫高窟第259窟中所绘的“静功”（坐禅）、第272窟中所绘之40幅人物“动功”及第302窟中所绘之“洗浴”与第419窟之“拦护水井”图，均表现出优良传统的传承。