两晋南北朝时期，社会动乱多于安定，在医药学领域，医药学家多以不官而矢志医学研究为追求目标，因此名医辈出，成就不凡，他们分别在各个领域作出杰出的贡献，医学理论有所进步。

皇甫谧（公元215—282年），甘肃灵台人，本为以史学著称的学者，42岁时因患风湿兼苦耳聋而立志研习针灸医学，在《黄帝内经》及诸多名家的基础上，撰成中国第一部针灸专著——《针灸甲乙经》，为针灸学中的经络、腧穴、诊法、治疗病症等规范奠定基础，影响后世千余年，至今仍是针灸医师研习的主要参考书。

葛洪（公元284—364年），江苏句容人，后辗转至广东罗浮山中追求丹鼎与医疗方术之研究。他在炼丹中得出“丹砂烧之成水银，积变又还成丹砂”的结论，颇富化学真知。在医学方面，他积数十年之功，撰成《金匮药方》100卷，惜因卷帙浩繁，未能传世，著作的节本命名为《肘后备急方》，意为可以挂肘间的急救手册，其内容务求简、便、验、廉（即简单、方便、有效、廉宜）。所述诸种病证如疟、痢、狂犬病、结核病、丹毒、恙虫病等等，或为疗效确切、或为医学文献首次记载、或开创免疫之先河。

王叔和（三世纪），高平人，曾任太医令职，精研脉学，在前人基础上将切脉诊断疾病与判断预后的理论与技术，发展到一个新境界。他撰述的《脉经》一书，对千百年来的切脉诊断有着重大影响。他研习张仲景学术，将《伤寒杂病论》析为专门诊治传染病的《伤寒论》，与各科杂病的《金匮要略》，使之指导中国医学发展千余年，影响着国内外的中医学说。

陶弘景（公元456—536年），江苏镇江人，一生隐居茅山，嗜学成性，“一事不知，深以为耻”，举凡天、地、历、数、医术本草、博物，无所不通。多次婉辞齐、梁年间统治者出仕之邀，但梁武帝“每有吉凶征讨大事，无不前往咨询”，故时人尊之为“山中宰相”。在医学方面，不但重编《肘后备急方》以广其传，更将《神农本草经》与当代《名医别录》，串编为《本草经集注》，使中国药物由365种发展为730种，不但订改修正前人诸多错误，而且在药物分类与创“诸病通用药”分类法方面，成就卓著。