在同一个自然带的各种地理要素中，地貌是最主要的基础要素，地貌的复杂性是塑造生境多样性的主导因素，从而形成了多样的小气候、多样的土壤、多样的生物群落和多样的自然景观。丹霞地貌区多被直立陡崖坡围闭的孤立石峰、石堡、石墙和石柱，山间形成许多封闭或半封闭的沟谷和小盆地，为植物生长发育提供了多样的生境条件。

在丹霞地貌区山块的离散性是引起生境破碎化的重要原因，在理论上这种地貌的山顶应该是保留了古剥夷面的物种，但是事实上由于山块在演化中逐渐缩小，山顶孤岛效应愈强烈，物种也随之发生变化。虽然动物可以提供一定的物种传播，但山顶的孤立状态和相对干旱的气候导致适生的物种逐渐减少。丹霞地貌中一些孤立的山顶也可视为孤岛，这种生态孤岛是因为各个地貌单体之间的隔离形成的。

山顶的边缘效应和孤立山顶植被的环状结构造成了植被水平分异。边缘效应是指斑块边缘部分由于受两侧生态系统的共同影响和交互作用，而表现出与斑块内部不同的生态特征和功能现象。在丹霞山顶的斑块中，山顶边缘一般土层薄或岩石裸露，生境恶劣，植被类型一般为干旱灌丛、草丛或极干旱地被层。孤立山顶植被的环状结构表现为从山顶中心向周边逐渐减少，群落层的高度从中心向周边逐渐降低，到山顶边缘出现突变。

另外，丹霞地貌区的地形也导致了植被的垂直分异。如山顶与山麓在土层、水分，通风、阳光等方面都有较大差异，出现了“山顶效应”与“热岛效应”，这是形成山顶与山下植被分异的重要原因；悬崖也构成了山顶植被和山麓植被的突变带等。

基于前述丹霞地貌区的自然分异特点，其自然地理结构的研究具有重要的意义。

丹霞地貌特有的地貌特征造成了小尺度的山顶和沟谷生境差异，这使我们可以将同一物种在不同生境下的生态型来比较，山顶和山脚相同物种生态型的差异是适应性进化的典型例证，还可以将同一区域内不同生境下的物种作比较，且丹霞地貌区的生境有别于相邻非丹霞地貌区，对于研究特有环境下的特有生态型具有重要的参考价值。

此外，岛屿物种因具有地理隔离、分布范围狭窄及种群规模较小等特点，故其物种成为物种遗传分化研究的模式种，岛屿生态系统则被视为模式生态系统。丹霞地貌山顶虽然是处于一种不完全隔离的状态，但其山顶的物种数量远少于山脚，生物类群简单，且山顶面积愈小，物种数量愈少，符合面积效应，这对岛屿生物地理学的研究和适应性进化问题的研究具有积极意义。