自1851年太平天國起事，清軍就不斷阻擊，但節節敗退。太平軍剛定都天京，清廷即部署反攻，遣向榮、琦善分別於南京城外與揚州設立江南、江北大營，對之形成合圍之勢。兩大營在1856年（咸豐六年）均被擊潰，雖不久重建，但清廷早知原有的八旗、綠營兵皆不堪一擊，不得已起用各地官紳自辦的鄉勇團練。

湖南士紳曾國藩等即以保衛鄉土和儒教為號召創立湘軍，成為太平軍的勁敵。李鴻章另組之淮軍亦漸成為清廷倚重之主力。此外，列強為維護其在華權益，亦與清廷聯手，組辦配備西洋武器的軍隊如洋槍隊（又稱常勝軍）、常安軍、常捷軍等對付太平天國。

在中外敵手聯合鎮壓下，太平軍繼續頑強戰鬥，並取得二破江北、江南大營等勝仗，然而始終無力扭轉被動形勢，在九江、安慶等戰略重地相繼失守後，只能苦苦支撐。

由於原有官軍腐朽難戰，清廷不得不重用各地漢人官紳自辦的鄉勇團練。曾國藩於1853年整合湖南各地團練成湘軍（「湘」為湖南省簡稱），成為鎮壓太平天國的主力。

清畫家吳友如繪《田家鎮及蘄州戰圖》。1854年，太平軍與湘軍在湖北田家鎮及蘄州激戰，是役湘軍獲勝。隨後兩年太平軍反攻，連陷湖北、江西多處要地，軍事形勢大好，若非1856年發生天京事變，往後的發展可能大不相同。

1857至1858年，湘軍與太平軍在江西九江爆發水陸激戰，最後湘軍攻陷九江。九江失守，天京上游屏障安徽安慶大受威脅。湘軍主要戰略，是順長江東下，攻陷九江、安慶等重地，逐步逼近下游的天京。

1859年，湘軍開始圍攻安慶，太平軍頑強抵抗。1861年安慶失守，天京門戶洞開，形勢急轉直下。圖為清廷發佈的《安慶省城戰圖》。

1860年，太平軍攻上海，圖為太平軍向上海挺進途中的作戰情形。西方列強為保自身利益，組洋槍隊助清軍防守上海，對抗太平軍。

洋槍隊，後稱常勝軍，初由美國人華爾（Frederick Townsend Ward）於1860年編組和率領。1862年太平軍擊斃華爾，常勝軍改由英國人戈登（Charles George Gordon）統率。常勝軍武器厲害，多次戰勝太平軍。

常勝軍中的中國士兵及外國軍官。清廷為保政權，不惜對外屈膝讓利，與侵華的外國勢力合作，誘列強為維護取自清廷的既得利益而協助鎮壓太平天國。

1862年，常勝軍和英軍聯合組成的遠征軍進攻太平軍所佔的城市，在浙江奉化城門外發炮轟擊。

1862年，李鴻章組建了淮軍。淮軍使用進口和本國仿造的西式槍械，是當時中國裝備最優良的陸軍，成為鎮壓太平天國的生力軍。

清政府製作的戰爭圖，顯示清軍包圍並炮擊太平軍陣地。清軍與太平軍在多個戰場反覆爭奪，戰鬥非常激烈。清廷雖一時未能成功鎮壓，但能充分利用地方和西洋武裝之力，逐漸取得主動。太平軍形勢日艱。

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