《牡丹亭》的直接根據是明代話本小說《杜麗娘慕色還魂》。敍寫南宋時江西南安太守杜寶的獨身女麗娘，受《詩經‧關雎》啟發，青春覺醒，私遊後花園，夢中與一書生幽會，從此春情難遣，抑鬱而死。杜寶升官離任，在花園中為麗娘造一墳墓，並建一梅花觀。三年後，嶺南書生柳夢梅遊學赴考，過南安借宿於梅花觀。某日閒遊花園，拾得麗娘自畫像，日夜觀賞呼喚，和畫中人的陰魂幽會。柳夢梅掘墓開棺，杜麗娘還魂回生。二人結為夫婦，同往臨安。柳生應試，因金兵南侵，放榜延期。柳生受麗娘之托，到淮安拜見杜寶。杜寶視柳生為騙子和盜墓賊，吊打拷問。後聞柳生已中狀元，才將他釋放。但杜寶不相信麗娘復活，更不承認女兒的婚事。最後鬧到皇帝面前，反覆考察，杜麗娘與柳夢梅遂成合法夫妻。劇中主人公杜麗娘為自由愛情而出生入死，表現了封建社會的青年男女對自由生活的強烈追求，控訴了封建禮教對人們合理的生活欲望的扼殺，宣佈為理想的愛情而奮鬥的「至情」可以超越生死界限。

《牡丹亭》寫了兩代人的鬥爭，鬥爭的焦點在於，是要「情至」新觀念，還是堅持封建主義。湯顯祖在劇中所肯定和讚美的是「情至」，在我們看來，「情至」觀念與封建主義的矛盾鬥爭，構成《牡丹亭》的戲劇衝突。如果說，《紫釵記》是「情至」與強權的矛盾鬥爭，最後是「情至」戰勝了強權的話，那麼《牡丹亭》就是「情至」與封建主義的矛盾鬥爭，最後是「情至」戰勝了封建主義。

劇中主人公杜麗娘為情而死的經歷說明，從現實到夢境，從死去到復生，始終貫穿着現實的要求，亦即通過自己的追求，去創造一個符合自己理想的現實世界。全劇的情節結構抓住了杜麗娘和柳夢梅的「同夢」，關鍵則在杜麗娘的死生之際，寫兒女之情可謂別出心裁，最後由人鬼相戀到復生結合。如此構思和處理，當然是超現實的浪漫主義。和全劇深邃的思想內容和浪漫主義的基調相吻合，《牡丹亭》還善於運用情景交融、意境幽深的曲文，採用抒情詩的手法，傾瀉人物內心的感情。從《牡丹亭》的全部劇情看，湯顯祖鮮明地以合乎自然、合乎正義、合乎被壓抑人們要求的情的思想來反對封建專制，反抗封建頑固勢力宣揚的性、理之學。通過杜麗娘死後的繼續追求，表達了她們對生命、自然、愛情、自由的熱愛，代表了那個時代千千萬萬婦女的意志，體現了個性解放的要求和強烈的時代精神。湯顯祖的偉大之處，是他對前代文學作品，既有因襲，更有創新和超越。