清朝（1644—1911年）时，澳门葡萄牙人对清政府表示效忠，但清廷对葡人有戒心。顺治四年（1647年），葡萄牙人得两广总督佟养甲代为奏请，恢复到广州互市贸易，户部议覆不准。康熙十八年（1679年），开放陆路贸易，但1685年又停止了，1685年实行开海贸易政策，宣布开放江苏的松江、浙江的宁波、福建的泉州和广东的广州为对外贸易港口，并分别设置江海关、浙海关、闽海关和粤海关，负责管理对外贸易事务。在澳门设立粤海关澳门总口，置关部行台和大码头、南环、娘妈阁、关闸四个税馆，负责征收澳门的船钞货税，后黄埔逐渐发展为广州的外港。

清政府也有优待葡萄牙商船的政策，葡船所纳船钞只是其他国家的约四分之一，并特别允许葡萄牙自治机构的理事官，征收进入澳门船舶百分之三至十的从价税。葡萄牙人为垄断承明代独占澳门对外贸易的传统，违反粤海关的规定，禁止其他外国商船停泊澳门，不惜贿赂广东官员，至使1715年后，葡萄牙以外的外国商船再不入澳门，而使用黄埔碇泊，至1724年终成定例。

自1842年中国近代第一个不平等条约《南京条约》签订后，澳门总督边度曾赴香港，向清廷钦差大臣耆英递交照会，要求让葡萄牙扩大对澳门的管理权，又要求中国豁免葡人交纳地租，把澳门北部自三巴门至关闸一带拨由葡兵把守。这种损害中国管治权的要求，遭到耆英拒绝。

1845年，葡萄牙女王玛利亚二世单方面宣布澳门为“自由港”，并于翌年委派狂热的殖民主义分子亚马留出任澳门总督。亚马留随即在澳门推行一系列破坏中国主权和管治权的政策，包括驱逐中国守驻澳门的关部行台官员，封闭关部行台；对澳门居民强行征收地租、人头税、不动产税；擅自开辟从水坑尾至龙田村、关闸一带的新通道。于是明清以来中国政府对澳门行之有效的管理权遭到严重破坏。

葡人相继占据凼仔、路环和澳门半岛北部包括青洲，并向中国进一步提出领土要求。清政府指派奕劻、孙毓汶为全权大臣，葡萄牙代表为罗沙（Tomás de Sousa Rosa），于1887年（光绪十三年）12月1日，中葡在北京签订《中葡和好通商条约》，清廷承认“大西洋国永居管理澳门”，但“未经大清国首肯，则大西洋国永不得将澳门让与他国”。这样一来，澳门从葡萄牙人租占地区转变为葡萄牙的殖民地。

根据1887年《中葡和好通商条约》准葡国永居管理澳门，两国派员妥为会订界址，再行特立专约。这是澳门界址问题之由来。1908年日本官方诬指“二辰丸号”在葡方领海航行，清兵强行进入葡方水域缉拿商船，引发国人议论澳门界址，催化1909年中葡澳门勘界谈判的出现。大清代表为钦差大臣高而谦，葡方代表为钦差大臣马揸度（Joaquim José Machado），中葡双方于7至11月在香港举行九次的会勘澳门及其属地界务会议，葡方马揸度提出把青洲、凼仔、路环、大小横琴等岛列为澳门属地，遭中方拒絶，双方相持不下，谈判停止，遂成悬案。

1928年12月颁布第四十四号法规，“饬将凼仔路环统领部裁撤，改设岛区政务厅”，根据此法规，海岛市与澳门市正式分离。此法规主要规定：一、撤销凼仔与路环的驻军司令；二、设立海岛市，其范围包括凼仔和路环两岛，总部设在凼仔；三、赋予海岛市行政长官民事方面及其他由法律规定的职权。