袁世凱擔任臨時大總統後，竊奪了中央和地方的許多權力，但他不能完全控制社會政治局面，也不可能使一切回復舊觀，因為革命派依然把握着七八個省的控制權，保留着十多萬軍隊，所以共和的氣氛依然存在。與此同時，不少政黨紛紛成立，它們不斷分化和組合。袁世凱為了進一步攫取權力，竭力拉攏、收買一些政黨作為他的御用工具。可見當時社會政治上一片混亂。
由同盟會和幾個小黨派聯合改組成的國民黨，其實際領導者宋教仁等，則以「議會政治」、「政黨內閣」作為與袁世凱抗爭的工具。國民黨在臨時參議院中佔有三分之二以上的席位，並在1913年的第一次國會選舉中獲得了相對多數。由國民黨人組閣，看來已是水到渠成。宋教仁出任內閣總理的呼聲很高。可是，政黨政治並未能捍衞初生的共和國。
國民黨在臨時參議院中成為第一大黨，與為袁世凱支持的共和黨和民主黨對峙，並在第一屆國會正式復選中，擊敗了共和黨和民主黨，在870個席位中佔有392席，獲得相對優勢。國民黨的目標──爭取議員多數，以組織政黨內閣──似乎正在實現。袁世凱對這種挑戰當然忌恨，宋教仁更成為他的眼中釘，必欲去之而後快。1913年3月，袁世凱指派刺客，將到處奔走呼籲組建政黨內閣的宋教仁暗殺於上海火車站。
宋案的槍聲驚醒了正在日本訪問的孫中山。他立即返回上海，放下正在籌劃鐵路建設的事務，主張武裝反袁。由於國民黨內意見分歧，不少重要人物主張法律倒袁或國會倒袁。因此，直到7月中旬，李烈鈞才在江西湖口舉義，江蘇、安徽、廣東、福建、湖南、四川等省相繼起兵討袁。然而，起義軍各自為戰，力量薄弱，很快就被早有準備的袁世凱擊敗。9月中旬，四川討袁軍放棄重慶，歷時兩個月的二次革命隨之結束。孫中山再度流亡國外，在日本策劃三次革命。偉大的辛亥革命，至此以悲劇告終。
