中國與印尼的友好往來和文化交流可以追溯到兩千年前。《漢書‧地理志》中描述了漢代中印貿易之路途經馬六甲海峽，位於海峽一側的印尼商人很有可能與經過馬六甲海峽的漢代商人作過貿易活動。魏晉南北朝是中國青瓷器發展史上的重要時期，與東南亞的交往比過去更為密切，以至赴東南亞的中國商船所載之貨物，除絲綢之外，以陶瓷為大宗。二十世紀在印尼爪哇、蘇門答臘等地考古發現的諸多中國六朝瓷器，說明六朝的中國陶瓷已傳遍東南亞地區。

唐代是中國與印尼在佛教文化交流方面最興盛的時期。室利佛逝和訶陵又是南海的佛學與文化中心，很多僧人在這裡住下譯經，或在赴印度之前，先在這裡學習梵語。到過印尼的中國僧人很多，其中最著名的是義淨和會寧。十世紀，爪哇島上的東爪哇王國興起，這就是宋代史籍稱謂的「闍婆」。闍婆是當時東南亞強盛的國家之一，經濟繁榮，商業發達。闍婆不僅經常派出商船到廣州、泉州等中國港口貿易，而且還採取措施招徠宋商前往貿易。除此之外，宋朝與室利佛逝關係依然密切，兩國貿易往來頻繁。此時的室利佛逝改稱「三佛齊」，國力比以前更為強大。

朱元璋自1368年建立明朝政權後，對周邊國家實行和平外交政策，與周邊國家建立「朝貢」制度，確立宗藩關係，加速了明朝政府與周邊國家在政治、貿易、文化上的相互交流。鄭和七下西洋，幾乎每次都到印尼的爪哇和蘇門答臘等地，同當地建立聯繫，進行貿易，播下友誼的種子。鄭和船隊在下西洋時期載回數量極多的蘇泥勃青（是一種青花色料），也使得永樂、宣德年間的青花發色有別於歷代青花，成為中國青花瓷生產的黃金時期。

由於兩國經濟交往日見頻繁，華僑把製糖術、釀酒法、造紙法等先進的手工業和農業生產技術傳到印尼。十七世紀以前印尼人食用的糖是棕櫚糖。1637年，東印度公司決定在巴達維亞建立製糖工業，當地第一個製糖磨坊是華人容觀創建的。說到釀酒，印尼人民一般從椰樹或桄榔樹的樹梗中提取汁液，製成清甘可口的「椰花酒」。華人則把酒麴和酵母發酵糖漿釀酒的方法傳入印尼。除此之外，由於大量華人從事農業生產，也將中國的犁耕傳入印尼。據說十七世紀甲必丹蔡煥玉在西爪哇大力推廣中國犁，至今文登一帶的印尼農民還廣泛使用這種中國犁，這種犁入土較淺，特別適用於旱田和果園。