十七世纪以后，荷兰、法国和英国殖民主义势力深入印度洋，逐渐夺取葡萄牙殖民者地盘，南非好望角、东非模里西斯岛、马达加斯加岛和东非沿岸及岛屿先后落入荷兰、法国和英国手中。中国与非洲的间接贸易关系仅在很小程度上得以恢复，中非文化交流在殖民主义阻碍下艰难进行。东非无法从中国直接进口瓷器，只能从荷兰人占领的巴达维亚（今雅加达）购买瓷器，1655年模里西斯向巴达维亚订购一批瓷盘、瓷碟、瓷碗、瓷杯。1678年南非开普敦也从巴达维亚进口中国瓷器。另外，荷兰在阿拉伯半岛木哈囤积大批中国瓷器，1645年达20万件，从事批发。莫三比克、马林迪商船到木哈购买中国瓷器。1643年法国占领马达加斯加岛的多凡堡后，马达加斯加岛（十八世纪中文译为“吗里呀氏简”）同中国的贸易“间有舟楫通粤东”。

1730年成书的陈伦炯的《海国闻见录》反映中国商人逐渐撤出西印度洋后，中国船舶在东西洋坚持航行、艰苦经商的较为真实情景。此书对“东洋”包括中国沿海海域，在内容和观点上都有独到之处；而对中国船基本上已撤出的西印度洋的记述，内容则失之简略。弥足珍贵的是，对非洲马达加斯加岛与中国的贸易关系留有“间有舟楫通粤东”之记载，证明直到十八世纪，中国广东与非洲个别岛国仍存在不绝如缕的直接贸易关系，可见中国与东部非洲之间仍存在着由久远历史织成的、为殖民者斩不断的关系。

处于殖民地或半殖民地状态下的中国与埃及的文化交流工作，在中埃两国学者艰难努力下得以断断续续地进行，其中穆斯林在中非文化交流中起了特别重要的作用。中国和埃及在培养中国穆斯林学者方面作了很大努力。1907年（光绪三十三年）王浩然阿衡考察非洲回国后，在北京创办第一所新式宗教学校──回教师范学堂。1921年王静斋（王文清）前往埃及留学，入爱资哈尔大学深造，“携来印版西经不下六百余种”。回国后编译《阿汉字典》，并翻译注释《古兰经详解》发行三版。三十年代中国穆斯林学者连袂访问埃及。1931年经与埃及当局洽商，中国开始派遣留学生到爱资哈尔大学留学，马坚、纳忠、纳训、林训华和马金鹏等五人学习阿拉伯文、伊斯兰教义和教律。1931至1934年共有四批约二十人前往埃及留学。这批留学埃及学者致力于翻译《古兰经》、阿拉伯文学作品，编辑字典和语法课本，培养阿拉伯文专业学生，其中对《古兰经》翻译用力最勤。此经典之全译不仅对穆斯林以至对广大中国人了解阿拉伯人、阿拉伯非洲具有极为重要的意义。马坚在埃及留学期间曾将《论语》译为阿文，并以阿文写成《中国回教概况》，向阿拉伯世界介绍中国文化。马坚的《古兰经》全译本、纳训的《一千零一夜》六卷本、马金鹏的《伊本‧白图泰游记》全译本、纳忠的《阿拉伯通史》二卷本等极大地增进了中国对伊斯兰世界、阿拉伯非洲的了解，将源远流长的中非文化交流宏伟事业推向崭新阶段。