鄭和船隊約有各類大小船舶二百餘艘，是一支混合式聯合船隊。船舶按規模、功能大致可以分為三類。

寶船：船隊中最大的海船，它在船隊中的地位，相當於今日大型艦隊中的旗艦，為整個船隊的主體船舶。巨型寶船是鄭和船隊中規模最大，也是當時世界上最大的木帆船，長四十四丈四尺（約138米）、寬十八丈（約56米），可載五百餘人。它是鄭和船隊領導層乘坐的旗艦，外國國王及使節來華時亦乘坐寶船，同時還裝載賜給各國的禮物和各國進貢的珍品。巨型寶船上的設施也跟一般船隻不同，它設有九桅十二帆，上層建築富麗堂皇、複雜精巧，船體的強度與穩定性也超過其他船隻。巨型寶船主要由南京寶船廠（龍江造船廠）建造，此外福建長樂、泉州也是寶船建造的基地。

護航作戰船：主要有戰船、坐船、馬船等，這類船隻速度快，用於護航及海上作戰。戰船是護航、作戰的專用艦船。長十八丈（約56米），寬六丈八尺（約21米），有五桅。坐船，全名是「戰坐船」， 是一種大型戰船，主要用於指揮整個船隊作戰，發號施令。長二十四丈（約74米），寬九丈四尺（約29米），有六桅。馬船，又名「馬快船」，主要用來運載馬匹和各種輸出或輸入的物品，也可用於海戰。長三十七丈（約114米），寬十五丈（約47米），有八桅。

後勤補給船：主要有糧船、水船等，用於運載船隊所需的食糧、淡水以及其他後勤補給物資。糧船，主要運載船隊所需的食糧，每船約能載糧一千噸以上。長二十八丈（約87米），寬十二丈（約37米），有七桅。鄭和船隊中一種專門積貯和運載淡水的船隻，每船能裝淡水一千多大桶。水船的設立與製造，是航海史的一項創舉，因為除了鄭和船隊，中外任何一支船隊都不曾配備專門運載淡水的船隻。

鄭和船隊的二萬七千多船員，按決策、外交貿易、軍事護航、船務和後勤等不同職能來編制，其中以前三者較為重要。決策人員：包括正使太監、副使太監和少監、內監等官員，是中樞首腦機構。外交貿易人員：包括戶部郎中、鴻臚寺序班、通事、買辦、辦事、書算手、教諭等官員，負責外交禮儀及貿易活動。軍事護航人員：包括都指揮、指揮、千戶、百戶、旗校、勇士等武官和兵士，以及各種技術人員，負責航行的安全及抵禦敵人和海盜侵襲。